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| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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FC Levadia | 6 | 5 | 1 | 0 | 10:3 | 7 | 16 |
| 2 |
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FC Flora | 5 | 4 | 1 | 0 | 9:2 | 7 | 13 |
| 3 |
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JK Nõmme Kalju | 5 | 3 | 1 | 1 | 12:5 | 7 | 10 |
| 4 |
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JK Narva Trans | 7 | 2 | 2 | 3 | 12:12 | 0 | 8 |
| 5 |
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FC Infonet | 6 | 2 | 1 | 3 | 11:10 | 1 | 7 |
| 6 |
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JK Tammeka | 7 | 1 | 2 | 4 | 7:16 | -9 | 5 |
| 7 |
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JK Sillamäe Kalev | 10 | 1 | 2 | 7 | 9:22 | -13 | 5 |
| 8 |
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Paide Linnameeskond | 7 | 1 | 1 | 5 | 4:21 | -17 | 4 |
| 9 |
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Pärnu JK Vaprus | 6 | 0 | 0 | 6 | 4:29 | -25 | 0 |
| 10 |
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Tulevik Viljandi | 6 | 0 | 0 | 6 | 1:29 | -28 | 0 |
| Champions League Quali. | |
| Abstieg |
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# Pärnu Linnameskond wurde am 11. Januar 2017 aufgelöst. Die Erstligalizenz ging an Pärnu JK Vaprus. # JK Sillamäe Kalev steht am Ende der Saison 2017 als einziger Absteiger durch Lizenzentzug fest. |
