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| 29.08.2009 | 16:00 | JK Sillamäe Kalev | - | Paide Linnameeskond | 3:0 (1:0) | |
| 16:00 | FC Kuressaare | - | JK Narva Trans | 0:7 (0:1) | ||
| 16:00 | JK Tallinna Kalev | - | JK Nõmme Kalju | 0:2 (0:1) | ||
| 16:00 | Tulevik Viljandi | - | JK Tammeka | 0:1 (0:0) | ||
| 15.09.2009 | 17:45 | FC Flora | - | FC Levadia | 1:3 (0:3) |
| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
|
FC Levadia | 26 | 22 | 4 | 0 | 92:18 | 74 | 70 |
| 2 |
|
JK Sillamäe Kalev | 26 | 18 | 3 | 5 | 65:28 | 37 | 57 |
| 3 |
|
FC Flora | 26 | 16 | 5 | 5 | 51:21 | 30 | 53 |
| 4 |
|
JK Narva Trans | 26 | 15 | 5 | 6 | 55:23 | 32 | 50 |
| 5 |
|
JK Nõmme Kalju | 25 | 12 | 5 | 8 | 47:27 | 20 | 41 |
| 6 |
|
Tulevik Viljandi | 26 | 10 | 6 | 10 | 32:32 | 0 | 36 |
| 7 |
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Paide Linnameeskond | 26 | 6 | 3 | 17 | 14:66 | -52 | 21 |
| 8 |
|
FC Kuressaare | 25 | 5 | 3 | 17 | 14:62 | -48 | 18 |
| 9 |
|
JK Tammeka | 26 | 3 | 2 | 21 | 18:70 | -52 | 11 |
| 10 |
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JK Tallinna Kalev | 26 | 2 | 4 | 20 | 20:61 | -41 | 10 |
| Champions League Quali. | |
| Europa League | |
| Relegation | |
| Abstieg |
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# Das Spiel FC Kuressaare - JK Nõmme Kalju (19. Spieltag) wurde vom Verband annuliert und für beide Teams mit 0 Punkten und 0 Toren gewertet, da beide nicht freigegebene Spieler eingesetzt haben. |
