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| 13.06.2009 | 16:00 | FC Levadia | - | Tulevik Viljandi | 5:0 (2:0) | |
| 16:00 | JK Nõmme Kalju | - | JK Tammeka | 4:0 (1:0) | ||
| 16:00 | Paide Linnameeskond | - | FC Flora | 0:6 (0:3) | ||
| 18:30 | FC Kuressaare | - | JK Sillamäe Kalev | 0:1 (0:1) | ||
| 18:30 | JK Narva Trans | - | JK Tallinna Kalev | 3:1 (2:0) |
| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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FC Levadia | 15 | 14 | 1 | 0 | 51:6 | 45 | 43 |
| 2 |
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FC Flora | 15 | 11 | 1 | 3 | 34:11 | 23 | 34 |
| 3 |
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JK Sillamäe Kalev | 15 | 10 | 2 | 3 | 36:16 | 20 | 32 |
| 4 |
|
JK Narva Trans | 15 | 9 | 1 | 5 | 33:19 | 14 | 28 |
| 5 |
|
Tulevik Viljandi | 15 | 7 | 3 | 5 | 19:22 | -3 | 24 |
| 6 |
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JK Nõmme Kalju | 15 | 7 | 1 | 7 | 27:21 | 6 | 22 |
| 7 |
|
Paide Linnameeskond | 15 | 3 | 2 | 10 | 6:33 | -27 | 11 |
| 8 |
|
JK Tallinna Kalev | 15 | 2 | 3 | 10 | 12:24 | -12 | 9 |
| 9 |
|
FC Kuressaare | 15 | 2 | 3 | 10 | 5:30 | -25 | 9 |
| 10 |
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JK Tammeka | 15 | 1 | 1 | 13 | 7:48 | -41 | 4 |
| Champions League Quali. | |
| Europa League | |
| Relegation | |
| Abstieg |
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# Das Spiel FC Kuressaare - JK Nõmme Kalju (19. Spieltag) wurde vom Verband annuliert und für beide Teams mit 0 Punkten und 0 Toren gewertet, da beide nicht freigegebene Spieler eingesetzt haben. |
