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| 30.05.2009 | 16:00 | JK Sillamäe Kalev | - | JK Nõmme Kalju | 2:0 (1:0) | |
| 16:00 | JK Tallinna Kalev | - | Paide Linnameeskond | 0:0 (0:0) | ||
| 18:30 | Tulevik Viljandi | - | JK Narva Trans | 1:2 (0:0) | ||
| 18.08.2009 | 17:45 | FC Flora | - | FC Kuressaare | 3:0 (2:0) | |
| 20.10.2009 | 17:45 | JK Tammeka | - | FC Levadia | 0:2 (0:1) |
| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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FC Levadia | 14 | 13 | 1 | 0 | 46:6 | 40 | 40 |
| 2 |
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FC Flora | 14 | 10 | 1 | 3 | 28:11 | 17 | 31 |
| 3 |
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JK Sillamäe Kalev | 14 | 9 | 2 | 3 | 35:16 | 19 | 29 |
| 4 |
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JK Narva Trans | 14 | 8 | 1 | 5 | 30:18 | 12 | 25 |
| 5 |
|
Tulevik Viljandi | 14 | 7 | 3 | 4 | 19:17 | 2 | 24 |
| 6 |
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JK Nõmme Kalju | 14 | 6 | 1 | 7 | 23:21 | 2 | 19 |
| 7 |
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Paide Linnameeskond | 14 | 3 | 2 | 9 | 6:27 | -21 | 11 |
| 8 |
|
JK Tallinna Kalev | 14 | 2 | 3 | 9 | 11:21 | -10 | 9 |
| 9 |
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FC Kuressaare | 14 | 2 | 3 | 9 | 5:29 | -24 | 9 |
| 10 |
|
JK Tammeka | 14 | 1 | 1 | 12 | 7:44 | -37 | 4 |
| Champions League Quali. | |
| Europa League | |
| Relegation | |
| Abstieg |
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# Das Spiel FC Kuressaare - JK Nõmme Kalju (19. Spieltag) wurde vom Verband annuliert und für beide Teams mit 0 Punkten und 0 Toren gewertet, da beide nicht freigegebene Spieler eingesetzt haben. |
