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| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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FC Levadia | 14 | 12 | 2 | 0 | 52:3 | 49 | 38 |
| 2 |
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FC Flora | 16 | 12 | 2 | 2 | 43:18 | 25 | 38 |
| 3 |
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FC Infonet | 16 | 10 | 2 | 4 | 59:18 | 41 | 32 |
| 4 |
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JK Nõmme Kalju | 14 | 10 | 2 | 2 | 41:10 | 31 | 32 |
| 5 |
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JK Narva Trans | 15 | 6 | 3 | 6 | 21:20 | 1 | 21 |
| 6 |
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JK Sillamäe Kalev | 13 | 5 | 3 | 5 | 22:24 | -2 | 18 |
| 7 |
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JK Tammeka | 16 | 4 | 5 | 7 | 18:27 | -9 | 17 |
| 8 |
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Tulevik Viljandi | 15 | 4 | 2 | 9 | 15:27 | -12 | 14 |
| 9 |
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Paide Linnameeskond | 15 | 3 | 3 | 9 | 18:35 | -17 | 12 |
| 10 |
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Pärnu JK Vaprus | 16 | 1 | 2 | 13 | 12:60 | -48 | 5 |
| Champions League Quali. | |
| Abstieg |
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# Pärnu Linnameskond wurde am 11. Januar 2017 aufgelöst. Die Erstligalizenz ging an Pärnu JK Vaprus. # JK Sillamäe Kalev steht am Ende der Saison 2017 als einziger Absteiger durch Lizenzentzug fest. |
