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| 18.04.2009 | 13:00 | FC Levadia | - | JK Sillamäe Kalev | 3:1 (1:0) | |
| 13:00 | JK Narva Trans | - | JK Nõmme Kalju | 3:0 (2:0) | ||
| 13:00 | FC Flora | - | JK Tallinna Kalev | 1:0 (0:0) | ||
| 16:00 | FC Kuressaare | - | Tulevik Viljandi | 0:3 (0:1) | ||
| 18:30 | Paide Linnameeskond | - | JK Tammeka | 3:1 (2:0) |
| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
|
FC Levadia | 7 | 7 | 0 | 0 | 30:4 | 26 | 21 |
| 2 |
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JK Narva Trans | 7 | 5 | 1 | 1 | 21:6 | 15 | 16 |
| 3 |
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JK Sillamäe Kalev | 7 | 5 | 0 | 2 | 24:8 | 16 | 15 |
| 4 |
|
FC Flora | 7 | 4 | 0 | 3 | 11:8 | 3 | 12 |
| 5 |
|
Tulevik Viljandi | 7 | 3 | 2 | 2 | 10:12 | -2 | 11 |
| 6 |
|
FC Kuressaare | 7 | 2 | 2 | 3 | 3:12 | -9 | 8 |
| 7 |
|
JK Nõmme Kalju | 7 | 2 | 1 | 4 | 7:12 | -5 | 7 |
| 8 |
|
Paide Linnameeskond | 7 | 2 | 1 | 4 | 4:15 | -11 | 7 |
| 9 |
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JK Tallinna Kalev | 7 | 1 | 1 | 5 | 8:13 | -5 | 4 |
| 10 |
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JK Tammeka | 7 | 0 | 0 | 7 | 3:31 | -28 | 0 |
| Champions League Quali. | |
| Europa League | |
| Relegation | |
| Abstieg |
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# Das Spiel FC Kuressaare - JK Nõmme Kalju (19. Spieltag) wurde vom Verband annuliert und für beide Teams mit 0 Punkten und 0 Toren gewertet, da beide nicht freigegebene Spieler eingesetzt haben. |
