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| 04.04.2009 | 13:00 | JK Nõmme Kalju | - | JK Sillamäe Kalev | 1:3 (0:3) | |
| 13:00 | FC Levadia | - | JK Tammeka | 8:0 (6:0) | ||
| 13:00 | JK Narva Trans | - | Tulevik Viljandi | 1:1 (1:0) | ||
| 13:00 | FC Kuressaare | - | FC Flora | 1:0 (1:0) | ||
| 16:00 | Paide Linnameeskond | - | JK Tallinna Kalev | 1:0 (1:0) |
| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
|
FC Levadia | 5 | 5 | 0 | 0 | 25:2 | 23 | 15 |
| 2 |
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JK Sillamäe Kalev | 5 | 4 | 0 | 1 | 20:3 | 17 | 12 |
| 3 |
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JK Narva Trans | 5 | 3 | 1 | 1 | 14:5 | 9 | 10 |
| 4 |
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FC Flora | 5 | 3 | 0 | 2 | 8:5 | 3 | 9 |
| 5 |
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JK Nõmme Kalju | 5 | 2 | 1 | 2 | 6:7 | -1 | 7 |
| 6 |
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FC Kuressaare | 5 | 2 | 1 | 2 | 2:8 | -6 | 7 |
| 7 |
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Tulevik Viljandi | 5 | 1 | 2 | 2 | 6:12 | -6 | 5 |
| 8 |
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Paide Linnameeskond | 5 | 1 | 1 | 3 | 1:13 | -12 | 4 |
| 9 |
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JK Tallinna Kalev | 5 | 1 | 0 | 4 | 7:11 | -4 | 3 |
| 10 |
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JK Tammeka | 5 | 0 | 0 | 5 | 1:24 | -23 | 0 |
| Champions League Quali. | |
| Europa League | |
| Relegation | |
| Abstieg |
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# Das Spiel FC Kuressaare - JK Nõmme Kalju (19. Spieltag) wurde vom Verband annuliert und für beide Teams mit 0 Punkten und 0 Toren gewertet, da beide nicht freigegebene Spieler eingesetzt haben. |
