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| 18.07.2009 | 16:00 | JK Sillamäe Kalev | - | JK Tallinna Kalev | 7:0 (2:0) | |
| 16:00 | JK Tammeka | - | FC Kuressaare | 1:2 (0:1) | ||
| 16:00 | JK Nõmme Kalju | - | Paide Linnameeskond | 10:0 (4:0) | ||
| 29.09.2009 | 16:00 | Tulevik Viljandi | - | FC Flora | 0:1 (0:0) | |
| 06.10.2009 | 15:45 | FC Levadia | - | JK Narva Trans | 1:1 (0:1) |
| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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FC Levadia | 20 | 17 | 3 | 0 | 69:13 | 56 | 54 |
| 2 |
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JK Sillamäe Kalev | 20 | 15 | 2 | 3 | 52:16 | 36 | 47 |
| 3 |
|
FC Flora | 20 | 13 | 3 | 4 | 40:16 | 24 | 42 |
| 4 |
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JK Narva Trans | 20 | 11 | 3 | 6 | 42:22 | 20 | 36 |
| 5 |
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JK Nõmme Kalju | 19 | 10 | 2 | 7 | 41:22 | 19 | 32 |
| 6 |
|
Tulevik Viljandi | 20 | 8 | 4 | 8 | 22:27 | -5 | 28 |
| 7 |
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FC Kuressaare | 19 | 4 | 3 | 12 | 9:40 | -31 | 15 |
| 8 |
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Paide Linnameeskond | 20 | 3 | 2 | 15 | 7:56 | -49 | 11 |
| 9 |
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JK Tallinna Kalev | 20 | 2 | 4 | 14 | 15:41 | -26 | 10 |
| 10 |
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JK Tammeka | 20 | 2 | 2 | 16 | 14:58 | -44 | 8 |
| Champions League Quali. | |
| Europa League | |
| Relegation | |
| Abstieg |
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# Das Spiel FC Kuressaare - JK Nõmme Kalju (19. Spieltag) wurde vom Verband annuliert und für beide Teams mit 0 Punkten und 0 Toren gewertet, da beide nicht freigegebene Spieler eingesetzt haben. |
