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| 14.03.2009 | 13:00 | JK Sillamäe Kalev | - | Paide Linnameeskond | 6:0 (2:0) | |
| 13:00 | FC Kuressaare | - | JK Narva Trans | 0:5 (0:2) | ||
| 13:00 | JK Tallinna Kalev | - | JK Nõmme Kalju | 1:2 (1:2) | ||
| 13:00 | Tulevik Viljandi | - | JK Tammeka | 3:0 (1:0) | ||
| 16:00 | FC Flora | - | FC Levadia | 1:3 (0:3) |
| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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FC Levadia | 2 | 2 | 0 | 0 | 6:1 | 5 | 6 |
| 2 |
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JK Sillamäe Kalev | 2 | 2 | 0 | 0 | 9:1 | 8 | 6 |
| 3 |
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JK Narva Trans | 2 | 2 | 0 | 0 | 8:0 | 8 | 6 |
| 4 |
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JK Tallinna Kalev | 2 | 1 | 0 | 1 | 4:2 | 2 | 3 |
| 5 |
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Tulevik Viljandi | 2 | 1 | 0 | 1 | 4:3 | 1 | 3 |
| 6 |
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JK Nõmme Kalju | 2 | 1 | 0 | 1 | 2:2 | 0 | 3 |
| 7 |
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FC Flora | 2 | 1 | 0 | 1 | 2:3 | -1 | 3 |
| 8 |
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JK Tammeka | 2 | 0 | 0 | 2 | 0:6 | -6 | 0 |
| 9 |
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FC Kuressaare | 2 | 0 | 0 | 2 | 0:8 | -8 | 0 |
| 10 |
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Paide Linnameeskond | 2 | 0 | 0 | 2 | 0:9 | -9 | 0 |
| Champions League Quali. | |
| Europa League | |
| Relegation | |
| Abstieg |
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# Das Spiel FC Kuressaare - JK Nõmme Kalju (19. Spieltag) wurde vom Verband annuliert und für beide Teams mit 0 Punkten und 0 Toren gewertet, da beide nicht freigegebene Spieler eingesetzt haben. |
