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| 23.05.2009 | 16:00 | JK Sillamäe Kalev | - | FC Levadia | 1:1 (0:0) | |
| 16:00 | JK Nõmme Kalju | - | JK Narva Trans | 1:2 (0:1) | ||
| 16:00 | JK Tammeka | - | Paide Linnameeskond | 0:2 (0:2) | ||
| 16:00 | Tulevik Viljandi | - | FC Kuressaare | 3:0 (2:0) | ||
| 16:00 | JK Tallinna Kalev | - | FC Flora | 0:2 (0:0) |
| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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FC Levadia | 12 | 11 | 1 | 0 | 41:5 | 36 | 34 |
| 2 |
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JK Sillamäe Kalev | 12 | 8 | 2 | 2 | 32:12 | 20 | 26 |
| 3 |
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FC Flora | 12 | 8 | 1 | 3 | 21:10 | 11 | 25 |
| 4 |
|
Tulevik Viljandi | 12 | 6 | 3 | 3 | 17:15 | 2 | 21 |
| 5 |
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JK Nõmme Kalju | 12 | 6 | 1 | 5 | 22:16 | 6 | 19 |
| 6 |
|
JK Narva Trans | 12 | 6 | 1 | 5 | 25:16 | 9 | 19 |
| 7 |
|
Paide Linnameeskond | 12 | 3 | 1 | 8 | 6:26 | -20 | 10 |
| 8 |
|
FC Kuressaare | 12 | 2 | 3 | 7 | 5:25 | -20 | 9 |
| 9 |
|
JK Tallinna Kalev | 12 | 1 | 2 | 9 | 10:21 | -11 | 5 |
| 10 |
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JK Tammeka | 12 | 1 | 1 | 10 | 6:39 | -33 | 4 |
| Champions League Quali. | |
| Europa League | |
| Relegation | |
| Abstieg |
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# Das Spiel FC Kuressaare - JK Nõmme Kalju (19. Spieltag) wurde vom Verband annuliert und für beide Teams mit 0 Punkten und 0 Toren gewertet, da beide nicht freigegebene Spieler eingesetzt haben. |
