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| 19.12.2008 | 19:00 | Kickers Offenbach | - | VfB Stuttgart II | 2:0 (1:0) | |
| 20.12.2008 | 13:00 | Dynamo Dresden | - | Rot-Weiß Erfurt | 1:1 (1:0) | |
| 14:00 | 1. FC Union Berlin | - | Bayern München II | 0:0 (0:0) | ||
| 14:00 | Wuppertaler SV | - | Kickers Emden | 0:3 (0:2) | ||
| 14:00 | FC Carl Zeiss Jena | - | Jahn Regensburg | 0:0 (0:0) | ||
| 14:00 | Werder Bremen II | - | SpVgg Unterhaching | 1:0 (1:0) | ||
| 14:00 | Stuttgarter Kickers | - | Wacker Burghausen | 0:0 (0:0) | ||
| 14:00 | SC Paderborn 07 | - | Fortuna Düsseldorf | 0:0 (0:0) | ||
| 21.12.2008 | 14:00 | Eintracht Braunschweig | - | Erzgebirge Aue | 1:1 (0:0) | |
| 14:00 | VfR Aalen | - | SV Sandhausen | 0:0 (0:0) |
| » Tabelle | Heim | Auswärts | Hinrunde | Rückrunde | 1. Halbzeit | 2. Halbzeit |
| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
|
SC Paderborn 07 | 20 | 13 | 3 | 4 | 38:21 | 17 | 42 |
| 2 |
|
1. FC Union Berlin | 20 | 11 | 7 | 2 | 33:15 | 18 | 40 |
| 3 |
|
Kickers Emden | 20 | 11 | 5 | 4 | 27:17 | 10 | 38 |
| 4 |
|
Fortuna Düsseldorf | 20 | 10 | 4 | 6 | 28:16 | 12 | 34 |
| 5 |
|
Kickers Offenbach | 20 | 8 | 8 | 4 | 27:18 | 9 | 32 |
| 6 |
|
SpVgg Unterhaching | 20 | 9 | 5 | 6 | 26:27 | -1 | 32 |
| 7 |
|
Rot-Weiß Erfurt | 20 | 9 | 4 | 7 | 28:21 | 7 | 31 |
| 8 |
|
Bayern München II | 20 | 6 | 12 | 2 | 24:20 | 4 | 30 |
| 9 |
|
VfB Stuttgart II | 20 | 7 | 6 | 7 | 35:26 | 9 | 27 |
| 10 |
|
SV Sandhausen | 20 | 6 | 7 | 7 | 29:28 | 1 | 25 |
| 11 |
|
FC Carl Zeiss Jena | 20 | 6 | 7 | 7 | 24:28 | -4 | 25 |
| 12 |
|
Eintracht Braunschweig | 20 | 6 | 6 | 8 | 24:24 | 0 | 24 |
| 13 |
|
Erzgebirge Aue | 20 | 6 | 6 | 8 | 25:29 | -4 | 24 |
| 14 |
|
VfR Aalen | 20 | 4 | 11 | 5 | 17:24 | -7 | 23 |
| 15 |
|
Dynamo Dresden | 20 | 5 | 6 | 9 | 17:23 | -6 | 21 |
| 16 |
|
Jahn Regensburg | 20 | 4 | 8 | 8 | 19:30 | -11 | 20 |
| 17 |
|
Wacker Burghausen | 20 | 5 | 5 | 10 | 24:38 | -14 | 20 |
| 18 |
|
Wuppertaler SV | 20 | 4 | 6 | 10 | 18:31 | -13 | 18 |
| 19 |
|
Werder Bremen II | 20 | 4 | 4 | 12 | 26:35 | -9 | 16 |
| 20 |
|
Stuttgarter Kickers | 20 | 2 | 8 | 10 | 24:42 | -18 | 11 |
| Aufstieg | |
| Relegation | |
| Abstieg |
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# Den Stuttgarter Kickers wurden drei Punkte wegen eines nicht fristgerecht zurückgezahlten Darlehens aus dem DFB-Kautionsfond abgezogen. # Kickers Emden hat die Lizenz für die Saison 2009/2010 zurückgezogen und steht somit als Absteiger fest. Infolgedessen hat Wacker Burghausen die Klasse gehalten. |
