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| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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SC Paderborn 07 | 20 | 11 | 6 | 3 | 19:6 | 13 | 39 |
| 2 |
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1. FC Union Berlin | 20 | 8 | 9 | 3 | 13:6 | 7 | 33 |
| 3 |
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Kickers Emden | 20 | 8 | 8 | 4 | 12:5 | 7 | 32 |
| 4 |
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SV Sandhausen | 20 | 8 | 7 | 5 | 11:9 | 2 | 31 |
| 5 |
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VfB Stuttgart II | 20 | 8 | 6 | 6 | 17:10 | 7 | 30 |
| 6 |
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Rot-Weiß Erfurt | 20 | 7 | 9 | 4 | 14:8 | 6 | 30 |
| 7 |
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Bayern München II | 20 | 7 | 9 | 4 | 9:7 | 2 | 30 |
| 8 |
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Eintracht Braunschweig | 20 | 7 | 7 | 6 | 14:13 | 1 | 28 |
| 9 |
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SpVgg Unterhaching | 20 | 7 | 7 | 6 | 13:12 | 1 | 28 |
| 10 |
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Fortuna Düsseldorf | 20 | 5 | 10 | 5 | 11:8 | 3 | 25 |
| 11 |
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Werder Bremen II | 20 | 4 | 13 | 3 | 12:13 | -1 | 25 |
| 12 |
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Kickers Offenbach | 20 | 5 | 8 | 7 | 7:9 | -2 | 23 |
| 13 |
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Wacker Burghausen | 20 | 5 | 8 | 7 | 12:15 | -3 | 23 |
| 14 |
|
FC Carl Zeiss Jena | 20 | 5 | 8 | 7 | 8:15 | -7 | 23 |
| 15 |
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Stuttgarter Kickers | 20 | 3 | 13 | 4 | 13:15 | -2 | 22 |
| 16 |
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Erzgebirge Aue | 20 | 4 | 8 | 8 | 8:16 | -8 | 20 |
| 17 |
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Dynamo Dresden | 20 | 3 | 10 | 7 | 9:13 | -4 | 19 |
| 18 |
|
VfR Aalen | 20 | 3 | 10 | 7 | 6:13 | -7 | 19 |
| 19 |
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Jahn Regensburg | 20 | 3 | 8 | 9 | 5:12 | -7 | 17 |
| 20 |
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Wuppertaler SV | 20 | 2 | 10 | 8 | 7:15 | -8 | 16 |
| Aufstieg | |
| Relegation | |
| Abstieg |
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# Den Stuttgarter Kickers wurden drei Punkte wegen eines nicht fristgerecht zurückgezahlten Darlehens aus dem DFB-Kautionsfond abgezogen. # Kickers Emden hat die Lizenz für die Saison 2009/2010 zurückgezogen und steht somit als Absteiger fest. Infolgedessen hat Wacker Burghausen die Klasse gehalten. |
