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| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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Hertha BSC | 33 | 18 | 11 | 4 | 43:21 | 22 | 65 |
| 2 |
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Eintracht Braunschweig | 33 | 15 | 7 | 11 | 28:20 | 8 | 52 |
| 3 |
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FSV Frankfurt | 33 | 13 | 11 | 9 | 33:26 | 7 | 50 |
| 4 |
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VfR Aalen | 33 | 13 | 9 | 11 | 25:21 | 4 | 48 |
| 5 |
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TSV 1860 München | 33 | 11 | 15 | 7 | 21:18 | 3 | 48 |
| 6 |
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Energie Cottbus | 33 | 11 | 15 | 7 | 23:22 | 1 | 48 |
| 7 |
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FC St. Pauli | 33 | 11 | 14 | 8 | 32:26 | 6 | 47 |
| 8 |
|
MSV Duisburg | 33 | 11 | 13 | 9 | 23:24 | -1 | 46 |
| 9 |
|
VfL Bochum | 33 | 12 | 9 | 12 | 26:26 | 0 | 45 |
| 10 |
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1. FC Kaiserslautern | 33 | 10 | 14 | 9 | 26:21 | 5 | 44 |
| 11 |
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Erzgebirge Aue | 33 | 11 | 11 | 11 | 22:20 | 2 | 44 |
| 12 |
|
SC Paderborn 07 | 33 | 11 | 11 | 11 | 28:28 | 0 | 44 |
| 13 |
|
1. FC Köln | 33 | 9 | 15 | 9 | 23:22 | 1 | 42 |
| 14 |
|
FC Ingolstadt 04 | 33 | 10 | 9 | 14 | 22:25 | -3 | 39 |
| 15 |
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1. FC Union Berlin | 33 | 10 | 8 | 15 | 24:29 | -5 | 38 |
| 16 |
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SV Sandhausen | 33 | 7 | 11 | 15 | 21:33 | -12 | 32 |
| 17 |
|
Dynamo Dresden | 33 | 6 | 13 | 14 | 15:28 | -13 | 31 |
| 18 |
|
Jahn Regensburg | 33 | 5 | 10 | 18 | 16:41 | -25 | 25 |
| Aufstieg | |
| Relegation | |
| Abstieg | |
| Relegation | |
| Abstieg |
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# Am 19.6. wurde endgültig entschieden, dass der MSV Duisburg keine Lizenz für die Zweitligasaison 2013/2014 erhält. Der sportlich abgestiegene SV Sandhausen bleibt damit eine weitere Saison in der 2. Bundesliga. |
