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| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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1. FC Kaiserslautern | 33 | 18 | 11 | 4 | 28:10 | 18 | 65 |
| 2 |
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Eintracht Braunschweig | 33 | 16 | 10 | 7 | 22:12 | 10 | 58 |
| 3 |
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Hertha BSC | 33 | 14 | 14 | 5 | 21:6 | 15 | 56 |
| 4 |
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1. FC Köln | 33 | 13 | 12 | 8 | 17:11 | 6 | 51 |
| 5 |
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1. FC Union Berlin | 33 | 13 | 12 | 8 | 24:19 | 5 | 51 |
| 6 |
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Energie Cottbus | 33 | 12 | 11 | 10 | 17:13 | 4 | 47 |
| 7 |
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FSV Frankfurt | 33 | 12 | 11 | 10 | 20:17 | 3 | 47 |
| 8 |
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VfR Aalen | 33 | 10 | 15 | 8 | 15:15 | 0 | 45 |
| 9 |
|
TSV 1860 München | 33 | 10 | 13 | 10 | 15:13 | 2 | 43 |
| 10 |
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SC Paderborn 07 | 33 | 9 | 15 | 9 | 15:14 | 1 | 42 |
| 11 |
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Jahn Regensburg | 33 | 8 | 14 | 11 | 19:21 | -2 | 38 |
| 12 |
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Dynamo Dresden | 33 | 8 | 14 | 11 | 17:20 | -3 | 38 |
| 13 |
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FC Ingolstadt 04 | 33 | 7 | 16 | 10 | 14:15 | -1 | 37 |
| 14 |
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Erzgebirge Aue | 33 | 7 | 12 | 14 | 16:26 | -10 | 33 |
| 15 |
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VfL Bochum | 33 | 7 | 11 | 15 | 13:24 | -11 | 32 |
| 16 |
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FC St. Pauli | 33 | 5 | 16 | 12 | 10:20 | -10 | 31 |
| 17 |
|
MSV Duisburg | 33 | 5 | 16 | 12 | 11:23 | -12 | 31 |
| 18 |
|
SV Sandhausen | 33 | 6 | 11 | 16 | 17:32 | -15 | 29 |
| Aufstieg | |
| Relegation | |
| Abstieg | |
| Relegation | |
| Abstieg |
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# Am 19.6. wurde endgültig entschieden, dass der MSV Duisburg keine Lizenz für die Zweitligasaison 2013/2014 erhält. Der sportlich abgestiegene SV Sandhausen bleibt damit eine weitere Saison in der 2. Bundesliga. |
