# Mannschaft Sp. S. U. N. Tore Dif. Pk.
1 Hertha BSC, Deutschland Hertha BSC 17 10 5 2 34:16 18 35
2 Eintracht Braunschweig, Deutschland Eintracht Braunschweig 17 9 4 4 23:20 3 31
3 1. FC Kaiserslautern, Deutschland 1. FC Kaiserslautern 17 6 7 4 22:20 2 25
4 TSV 1860 München, Deutschland TSV 1860 München 17 6 7 4 18:18 0 25
5 FC Ingolstadt 04, Deutschland FC Ingolstadt 04 17 6 6 5 18:19 -1 24
6 VfR Aalen, Deutschland VfR Aalen 16 5 6 5 16:19 -3 21
7 SC Paderborn 07, Deutschland SC Paderborn 07 16 6 3 7 19:24 -5 21
8 1. FC Köln, Deutschland 1. FC Köln 16 5 5 6 15:18 -3 20
9 FSV Frankfurt, Deutschland FSV Frankfurt 16 6 2 8 22:27 -5 20
10 MSV Duisburg, Deutschland MSV Duisburg 17 5 5 7 15:23 -8 20
11 VfL Bochum, Deutschland VfL Bochum 17 5 4 8 16:27 -11 19
12 Energie Cottbus, Deutschland Energie Cottbus 16 3 6 7 12:20 -8 15
13 Erzgebirge Aue, Deutschland Erzgebirge Aue 16 3 3 10 17:29 -12 12
14 1. FC Union Berlin, Deutschland 1. FC Union Berlin 16 2 6 8 21:34 -13 12
15 FC St. Pauli, Deutschland FC St. Pauli 16 2 5 9 10:24 -14 11
16 Dynamo Dresden, Deutschland Dynamo Dresden 17 1 7 9 14:27 -13 10
17 Jahn Regensburg, Deutschland Jahn Regensburg 16 2 3 11 17:29 -12 9
18 SV Sandhausen, Deutschland SV Sandhausen 17 1 4 12 18:41 -23 7
  Aufstieg
  Relegation
  Abstieg
  Relegation
  Abstieg

# Am 19.6. wurde endgültig entschieden, dass der MSV Duisburg keine Lizenz für die Zweitligasaison 2013/2014 erhält. Der sportlich abgestiegene SV Sandhausen bleibt damit eine weitere Saison in der 2. Bundesliga.

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