# Mannschaft Sp. S. U. N. Tore Dif. Pk.
1 FC Vaduz, Liechtenstein FC Vaduz 29 15 8 6 50:27 23 75
2 FC Schaffhausen, Schweiz FC Schaffhausen 27 14 9 4 42:28 14 75
3 FC Chiasso, Schweiz FC Chiasso 29 14 5 10 40:29 11 71
4 FC Wohlen, Schweiz FC Wohlen 28 11 14 3 43:32 11 69
5 Yverdon Sport FC, Schweiz Yverdon Sport FC 29 11 9 9 46:34 12 66
6 FC Malcantone, Schweiz FC Malcantone 27 12 7 8 40:34 6 61
7 SC Kriens, Schweiz SC Kriens 29 12 6 11 38:37 1 60
8 FC Concordia Basel, Schweiz FC Concordia Basel 27 13 5 9 45:38 7 58
9 FC Luzern, Schweiz FC Luzern 29 10 9 10 39:41 -2 57
10 AC Bellinzona, Schweiz AC Bellinzona 29 12 2 15 40:51 -11 52
11 FC Bulle, Schweiz FC Bulle 29 9 9 11 39:48 -9 48
12 FC Sion, Schweiz FC Sion 13 6 4 3 18:11 7 42
13 FC Meyrin, Schweiz FC Meyrin 27 8 7 12 35:44 -9 41
14 FC Baden, Schweiz FC Baden 29 8 4 17 32:48 -16 38
15 FC Winterthur, Schweiz FC Winterthur 27 7 5 15 35:39 -4 36
16 FC La Chaux-de-Fonds, Schweiz FC La Chaux-de-Fonds 29 6 7 16 21:41 -20 33
17 SR Delémont, Schweiz SR Delémont 27 6 6 15 33:54 -21 28
  Aufstieg
  Relegation
  Abstieg

# Der FC Sion stieg erst am 29. Oktober 2003 in die Challenge League ein. Die Nachtragsspiele werden mit Spieltag 35 geführt. Zusätzlich wurden zu den 30 regulären Runden einige Extra-Spieltage (31-34) eingeführt.

# Die Saison 2003/2004 in der Schweizer Challenge League wurde mit einem besonderen Modus gespielt. Zwei Klubs spielten innerhalb einer Woche gegeneinander, der Sieger des direkten Duells erhielt dafür zwei Extrapunkte. Nach einer Saison wurde dieses System wieder abgeschafft.

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