# Mannschaft Sp. S. U. N. Tore Dif. Pk.
1 FC Schaffhausen, Schweiz FC Schaffhausen 10 6 3 1 16:8 8 45
2 Yverdon Sport FC, Schweiz Yverdon Sport FC 10 5 3 2 22:13 9 42
3 FC Chiasso, Schweiz FC Chiasso 10 5 2 3 14:10 4 41
4 FC Wohlen, Schweiz FC Wohlen 10 4 4 2 16:15 1 38
5 FC Luzern, Schweiz FC Luzern 10 6 1 3 19:10 9 37
6 FC Malcantone, Schweiz FC Malcantone 10 5 2 3 18:17 1 35
7 FC Vaduz, Liechtenstein FC Vaduz 10 3 4 3 15:14 1 35
8 SC Kriens, Schweiz SC Kriens 10 4 3 3 12:11 1 33
9 AC Bellinzona, Schweiz AC Bellinzona 10 5 1 4 16:14 2 30
10 FC Winterthur, Schweiz FC Winterthur 10 4 2 4 15:12 3 24
11 FC Concordia Basel, Schweiz FC Concordia Basel 10 3 1 6 17:25 -8 24
12 FC Bulle, Schweiz FC Bulle 10 3 2 5 12:16 -4 23
13 FC Sion, Schweiz FC Sion 0 0 0 0 0:0 0 20
14 FC Meyrin, Schweiz FC Meyrin 10 2 3 5 13:20 -7 19
15 SR Delémont, Schweiz SR Delémont 10 3 3 4 19:19 0 16
16 FC La Chaux-de-Fonds, Schweiz FC La Chaux-de-Fonds 10 2 2 6 6:14 -8 16
17 FC Baden, Schweiz FC Baden 10 2 0 8 12:24 -12 16
  Aufstieg
  Relegation
  Abstieg

# Der FC Sion stieg erst am 29. Oktober 2003 in die Challenge League ein. Die Nachtragsspiele werden mit Spieltag 35 geführt. Zusätzlich wurden zu den 30 regulären Runden einige Extra-Spieltage (31-34) eingeführt.

# Die Saison 2003/2004 in der Schweizer Challenge League wurde mit einem besonderen Modus gespielt. Zwei Klubs spielten innerhalb einer Woche gegeneinander, der Sieger des direkten Duells erhielt dafür zwei Extrapunkte. Nach einer Saison wurde dieses System wieder abgeschafft.

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