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| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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SC Paderborn 07 | 36 | 18 | 11 | 7 | 46:18 | 28 | 65 |
| 2 |
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SV Wehen Wiesbaden | 36 | 18 | 9 | 9 | 42:21 | 21 | 63 |
| 3 |
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Würzburger Kickers | 36 | 17 | 12 | 7 | 34:26 | 8 | 63 |
| 4 |
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1. FC Magdeburg | 36 | 16 | 13 | 7 | 29:15 | 14 | 61 |
| 5 |
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Karlsruher SC | 36 | 15 | 13 | 8 | 26:15 | 11 | 58 |
| 6 |
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SG Sonnenhof Großaspach | 36 | 15 | 10 | 11 | 30:26 | 4 | 55 |
| 7 |
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Hansa Rostock | 36 | 13 | 12 | 11 | 23:20 | 3 | 51 |
| 8 |
|
Hallescher FC | 36 | 15 | 6 | 15 | 27:27 | 0 | 51 |
| 9 |
|
Fortuna Köln | 36 | 13 | 11 | 12 | 27:21 | 6 | 50 |
| 10 |
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SpVgg Unterhaching | 36 | 13 | 9 | 14 | 27:29 | -2 | 48 |
| 11 |
|
Sportfreunde Lotte | 36 | 11 | 13 | 12 | 24:27 | -3 | 46 |
| 12 |
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VfR Aalen | 36 | 11 | 12 | 13 | 27:33 | -6 | 45 |
| 13 |
|
Preußen Münster | 36 | 10 | 13 | 13 | 24:23 | 1 | 43 |
| 14 |
|
SV Meppen | 36 | 10 | 12 | 14 | 24:29 | -5 | 42 |
| 15 |
|
FC Carl Zeiss Jena | 36 | 10 | 12 | 14 | 26:33 | -7 | 42 |
| 16 |
|
FSV Zwickau | 36 | 9 | 14 | 13 | 18:28 | -10 | 41 |
| 17 |
|
VfL Osnabrück | 36 | 9 | 13 | 14 | 25:33 | -8 | 40 |
| 18 |
|
Chemnitzer FC | 36 | 8 | 14 | 14 | 25:42 | -17 | 38 |
| 19 |
|
Werder Bremen II | 36 | 6 | 14 | 16 | 18:37 | -19 | 32 |
| 20 |
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Rot-Weiß Erfurt | 36 | 5 | 13 | 18 | 16:35 | -19 | 28 |
| Aufstieg | |
| Relegation | |
| Abstieg |
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# Rot-Weiß Erfurt wurde nach Eröffnung des Insolvenzverfahrens mit einem Abzug von neun Punkten belegt. Ein weiterer Punkt wurde RWE wegen eines Verstoßes gegen Zulassungsauflagen abgezogen. # Der Chemnitzer FC wurde nach Eröffnung des Insolvenzverfahrens mit einem Abzug von neun Punkten belegt. |
