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| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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SC Paderborn 07 | 36 | 19 | 12 | 5 | 37:12 | 25 | 69 |
| 2 |
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1. FC Magdeburg | 36 | 14 | 16 | 6 | 37:16 | 21 | 58 |
| 3 |
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Hansa Rostock | 36 | 14 | 15 | 7 | 20:11 | 9 | 57 |
| 4 |
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Karlsruher SC | 36 | 13 | 18 | 5 | 19:11 | 8 | 57 |
| 5 |
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SV Wehen Wiesbaden | 36 | 14 | 14 | 8 | 31:15 | 16 | 56 |
| 6 |
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SV Meppen | 36 | 15 | 11 | 10 | 22:16 | 6 | 56 |
| 7 |
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Würzburger Kickers | 36 | 12 | 12 | 12 | 15:18 | -3 | 48 |
| 8 |
|
Fortuna Köln | 36 | 10 | 17 | 9 | 24:22 | 2 | 47 |
| 9 |
|
Preußen Münster | 36 | 12 | 11 | 13 | 21:24 | -3 | 47 |
| 10 |
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VfR Aalen | 36 | 10 | 16 | 10 | 21:20 | 1 | 46 |
| 11 |
|
FC Carl Zeiss Jena | 36 | 9 | 19 | 8 | 18:23 | -5 | 46 |
| 12 |
|
Werder Bremen II | 36 | 9 | 18 | 9 | 18:23 | -5 | 45 |
| 13 |
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SpVgg Unterhaching | 36 | 10 | 13 | 13 | 22:23 | -1 | 43 |
| 14 |
|
Chemnitzer FC | 36 | 9 | 15 | 12 | 21:28 | -7 | 42 |
| 15 |
|
Hallescher FC | 36 | 9 | 14 | 13 | 21:23 | -2 | 41 |
| 16 |
|
FSV Zwickau | 36 | 9 | 14 | 13 | 19:25 | -6 | 41 |
| 17 |
|
SG Sonnenhof Großaspach | 36 | 9 | 13 | 14 | 22:31 | -9 | 40 |
| 18 |
|
VfL Osnabrück | 36 | 9 | 12 | 15 | 20:29 | -9 | 39 |
| 19 |
|
Sportfreunde Lotte | 36 | 6 | 15 | 15 | 19:29 | -10 | 33 |
| 20 |
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Rot-Weiß Erfurt | 36 | 2 | 17 | 17 | 9:37 | -28 | 23 |
| Aufstieg | |
| Relegation | |
| Abstieg |
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# Rot-Weiß Erfurt wurde nach Eröffnung des Insolvenzverfahrens mit einem Abzug von neun Punkten belegt. Ein weiterer Punkt wurde RWE wegen eines Verstoßes gegen Zulassungsauflagen abgezogen. # Der Chemnitzer FC wurde nach Eröffnung des Insolvenzverfahrens mit einem Abzug von neun Punkten belegt. |
