| Oberliga | Sp. | S | U | N | Tore | |||
| Zu Hause | 7 | 6 | 1 | 0 | 16 | : | 4 | |
| Auswärts | 7 | 3 | 1 | 3 | 6 | : | 6 | |
| ∑ | 14 | 9 | 2 | 3 | 22 | : | 10 | |
| FDGB-Pokal | Sp. | S | U | N | Tore | |||
| Zu Hause | 1 | 1 | 0 | 0 | 7 | : | 1 | |
| Auswärts | 2 | 1 | 1 | 0 | 3 | : | 1 | |
| ∑ | 3 | 2 | 1 | 0 | 10 | : | 2 | |
| 2. Bundesliga | Sp. | S | U | N | Tore | |||
| Zu Hause | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 | : | 3 | |
| Auswärts | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | : | 0 | |
| ∑ | 2 | 0 | 1 | 1 | 0 | : | 3 | |
| 3. Liga | Sp. | S | U | N | Tore | |||
| Zu Hause | 1 | 1 | 0 | 0 | 2 | : | 1 | |
| Auswärts | 1 | 0 | 0 | 1 | 1 | : | 2 | |
| ∑ | 2 | 1 | 0 | 1 | 3 | : | 3 | |
| Regionalliga Nordost | Sp. | S | U | N | Tore | |||
| Zu Hause | 5 | 0 | 3 | 2 | 3 | : | 5 | |
| Auswärts | 4 | 2 | 0 | 2 | 4 | : | 4 | |
| ∑ | 9 | 2 | 3 | 4 | 7 | : | 9 | |
| Regionalliga Nordost (1994-2000) | Sp. | S | U | N | Tore | |||
| Zu Hause | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | : | 0 | |
| Auswärts | 1 | 1 | 0 | 0 | 1 | : | 0 | |
| ∑ | 2 | 1 | 1 | 0 | 1 | : | 0 | |
| GESAMT | Sp. | S | U | N | Tore | |||
| Zu Hause | 16 | 8 | 5 | 3 | 28 | : | 14 | |
| Auswärts | 16 | 7 | 3 | 6 | 15 | : | 13 | |
| Neutraler Ort | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | : | 0 | |
| ∑ | 32 | 15 | 8 | 9 | 43 | : | 27 | |
| 2. Bundesliga | |||||
| 1997/1998 | 20. Spieltag | Energie Cottbus | - | FC Carl Zeiss Jena | 0:0 (0:0) |
| 1997/1998 | 3. Spieltag | FC Carl Zeiss Jena | - | Energie Cottbus | 0:3 (0:2) |
| 3. Liga | |||||
| 2018/2019 | 32. Spieltag | FC Carl Zeiss Jena | - | Energie Cottbus | 2:1 (1:1) |
| 2018/2019 | 13. Spieltag | Energie Cottbus | - | FC Carl Zeiss Jena | 2:1 (1:0) |
| Regionalliga Nordost (1994-2000) | |||||
| 1994/1995 | 25. Spieltag | FC Carl Zeiss Jena | - | Energie Cottbus | 0:0 (0:0) |
| 1994/1995 | 8. Spieltag | Energie Cottbus | - | FC Carl Zeiss Jena | 0:1 (0:0) |
|
Für Spiele, die im Elfmeterschießen entschieden wurden, geht der Spielstand nach 120 Minuten in diese Wertung ein. |
Deutschland 
![FC Carl Zeiss Jena [Frauen]](https://s.hs-data.com/bilder/wappen/mini/2382.gif?fallback=png "FC Carl Zeiss Jena [Frauen]"){kind=small}
![FC Carl Zeiss Jena II [Frauen]](https://s.hs-data.com/bilder/wappen/mini/12519.gif?fallback=png "FC Carl Zeiss Jena II [Frauen]"){kind=small}
![FC Carl Zeiss Jena [A-Junioren]](https://s.hs-data.com/bilder/wappen/mini/10850.gif?fallback=png "FC Carl Zeiss Jena [A-Junioren]"){kind=small}
![FC Carl Zeiss Jena [B-Junioren]](https://s.hs-data.com/bilder/wappen/mini/14892.gif?fallback=png "FC Carl Zeiss Jena [B-Junioren]"){kind=small}
![FC Carl Zeiss Jena II [B-Junioren]](https://s.hs-data.com/bilder/wappen/mini/37759.gif?fallback=png "FC Carl Zeiss Jena II [B-Junioren]"){kind=small}
![FC Carl Zeiss Jena [B-Juniorinnen]](https://s.hs-data.com/bilder/wappen/mini/13944.gif?fallback=png "FC Carl Zeiss Jena [B-Juniorinnen]"){kind=small}
![FC Carl Zeiss Jena [C-Junioren]](https://s.hs-data.com/bilder/wappen/mini/20651.gif?fallback=png "FC Carl Zeiss Jena [C-Junioren]"){kind=small}
