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| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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1. FC Schweinfurt 05 | 2 | 2 | 0 | 0 | 7:1 | 6 | 6 |
| 2 |
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Wacker Burghausen | 2 | 2 | 0 | 0 | 4:1 | 3 | 6 |
| 3 |
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1. FC Nürnberg II | 2 | 2 | 0 | 0 | 3:1 | 2 | 6 |
| 4 |
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TSV 1860 Rosenheim | 2 | 1 | 1 | 0 | 4:3 | 1 | 4 |
| 5 |
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SpVgg Greuther Fürth II | 2 | 1 | 0 | 1 | 6:3 | 3 | 3 |
| 6 |
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Viktoria Aschaffenburg | 1 | 1 | 0 | 0 | 3:0 | 3 | 3 |
| 7 |
|
FV Illertissen | 1 | 1 | 0 | 0 | 3:2 | 1 | 3 |
| 8 |
|
Bayern München II | 1 | 1 | 0 | 0 | 1:0 | 1 | 3 |
| 9 |
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VfB Eichstätt | 2 | 1 | 0 | 1 | 5:5 | 0 | 3 |
| 10 |
|
FC Memmingen | 1 | 0 | 1 | 0 | 2:2 | 0 | 1 |
|
TSV Buchbach | 1 | 0 | 1 | 0 | 2:2 | 0 | 1 | |
| 12 |
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FC Ingolstadt 04 II | 2 | 0 | 1 | 1 | 1:3 | -2 | 1 |
| 13 |
|
FC Pipinsried | 1 | 0 | 0 | 1 | 1:2 | -1 | 0 |
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VfR Garching | 1 | 0 | 0 | 1 | 1:2 | -1 | 0 | |
| 15 |
|
FC Augsburg II | 1 | 0 | 0 | 1 | 0:1 | -1 | 0 |
| 16 |
|
SV Schalding-Heining | 1 | 0 | 0 | 1 | 1:3 | -2 | 0 |
| 17 |
|
SV Heimstetten | 2 | 0 | 0 | 2 | 4:7 | -3 | 0 |
| 18 |
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SpVgg Bayreuth | 2 | 0 | 0 | 2 | 0:4 | -4 | 0 |
| Playoffs | |
| Relegation | |
| Abstieg |
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# Durch den Abstieg der Profimannschaft des FC Ingolstadt 04 in die 3. Liga wurde der FC Ingolstadt 04 II mit 0 Punkten an das Ende der Tabelle gesetzt. Die erspielten Ergebnisse behalten aber ihre Gültigkeit. Das Team lag am Ende der Saison eigentlich mit 45 Punkten auf dem neunten Tabellenplatz. |
