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| 03.06.1999 | 17:30 | Lokomotyvas Kaunas | - | FK Atlantas | 1:5 | |
| 13.06.1999 | 17:30 | Kauno Jegeriai | - | FK Kareda Siauliai | 1:2 | |
| 17:30 | FBK Kaunas | - | FK Nevėžis | 3:0 | ||
| 17:30 | FK Banga Gargždai | - | FK Ekranas | 0:2 | ||
| 17:30 | FK Žalgiris B | - | Inkaras Kaunas | 1:2 | ||
| 17:30 | FK Zalgiris | - | FK Dainava Alytus | 5:0 |
| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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FK Zalgiris | 23 | 17 | 6 | 0 | 68:8 | 60 | 59 |
| 2 |
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FK Kareda Siauliai | 23 | 18 | 4 | 1 | 67:11 | 56 | 58 |
| 3 |
|
FBK Kaunas | 23 | 18 | 3 | 2 | 57:14 | 43 | 57 |
| 4 |
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FK Ekranas | 23 | 12 | 6 | 5 | 45:20 | 25 | 41 |
| 5 |
|
Inkaras Kaunas | 23 | 11 | 4 | 8 | 34:27 | 7 | 37 |
| 6 |
|
FK Atlantas | 23 | 8 | 4 | 11 | 34:33 | 1 | 28 |
| 7 |
|
FK Banga Gargždai | 23 | 7 | 5 | 11 | 18:30 | -12 | 26 |
| 8 |
|
FK Nevėžis | 23 | 7 | 4 | 12 | 17:36 | -19 | 25 |
| 9 |
|
FK Dainava Alytus | 23 | 8 | 1 | 14 | 24:53 | -29 | 25 |
| 10 |
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FK Žalgiris B | 23 | 6 | 3 | 14 | 25:60 | -35 | 21 |
| 11 |
|
Kauno Jegeriai | 23 | 6 | 2 | 15 | 22:48 | -26 | 20 |
| 12 |
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Lokomotyvas Kaunas | 23 | 4 | 0 | 19 | 12:47 | -35 | 12 |
| 13 |
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Mastis Telšiai | 12 | 1 | 0 | 11 | 4:40 | -36 | 3 |
| 14 |
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FK Panerys | 0 | 0 | 0 | 0 | 0:0 | 0 | 0 |
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# Ekranas - Zalgiris (26.05.1999) wurde mit 0:0 zugunsten von Zalgiris gewertet, wobei Zalgiris die drei Punkte zugesporechen wurden (ursprünglich 1:0 für Ekranas) # Nach dem 6. Spieltag zog Panerys Vilnius sein Team zurück. Alle Partien wurden annulliert. # Nach dem 13. Spieltag zog Mastis Telsiai seine Mannschaft zurück. Alle bis dahin gespielten Partien behielten ihre Gültigkeit. |
