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| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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SC Paderborn 07 | 37 | 19 | 11 | 7 | 49:19 | 30 | 68 |
| 2 |
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Würzburger Kickers | 37 | 17 | 13 | 7 | 34:26 | 8 | 64 |
| 3 |
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SV Wehen Wiesbaden | 37 | 18 | 9 | 10 | 43:24 | 19 | 63 |
| 4 |
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1. FC Magdeburg | 37 | 16 | 14 | 7 | 29:15 | 14 | 62 |
| 5 |
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Karlsruher SC | 37 | 16 | 13 | 8 | 27:15 | 12 | 61 |
| 6 |
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SG Sonnenhof Großaspach | 37 | 15 | 11 | 11 | 30:26 | 4 | 56 |
| 7 |
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Hansa Rostock | 37 | 13 | 13 | 11 | 25:22 | 3 | 52 |
| 8 |
|
Hallescher FC | 37 | 15 | 7 | 15 | 29:29 | 0 | 52 |
| 9 |
|
Fortuna Köln | 37 | 13 | 12 | 12 | 27:21 | 6 | 51 |
| 10 |
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SpVgg Unterhaching | 37 | 13 | 9 | 15 | 27:30 | -3 | 48 |
| 11 |
|
Preußen Münster | 37 | 11 | 13 | 13 | 25:23 | 2 | 46 |
| 12 |
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Sportfreunde Lotte | 37 | 11 | 13 | 13 | 24:28 | -4 | 46 |
| 13 |
|
SV Meppen | 37 | 11 | 12 | 14 | 26:29 | -3 | 45 |
| 14 |
|
FC Carl Zeiss Jena | 37 | 11 | 12 | 14 | 27:33 | -6 | 45 |
| 15 |
|
VfR Aalen | 37 | 11 | 12 | 14 | 27:34 | -7 | 45 |
| 16 |
|
FSV Zwickau | 37 | 9 | 15 | 13 | 18:28 | -10 | 42 |
| 17 |
|
VfL Osnabrück | 37 | 9 | 13 | 15 | 25:34 | -9 | 40 |
| 18 |
|
Chemnitzer FC | 37 | 8 | 15 | 14 | 25:42 | -17 | 39 |
| 19 |
|
Werder Bremen II | 37 | 7 | 14 | 16 | 19:37 | -18 | 35 |
| 20 |
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Rot-Weiß Erfurt | 37 | 5 | 13 | 19 | 16:37 | -21 | 28 |
| Aufstieg | |
| Relegation | |
| Abstieg |
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# Rot-Weiß Erfurt wurde nach Eröffnung des Insolvenzverfahrens mit einem Abzug von neun Punkten belegt. Ein weiterer Punkt wurde RWE wegen eines Verstoßes gegen Zulassungsauflagen abgezogen. # Der Chemnitzer FC wurde nach Eröffnung des Insolvenzverfahrens mit einem Abzug von neun Punkten belegt. |
