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| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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Wacker Burghausen | 7 | 5 | 1 | 1 | 7:2 | 5 | 16 |
| 2 |
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VfL Osnabrück | 7 | 5 | 1 | 1 | 6:1 | 5 | 16 |
| 3 |
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Preußen Münster | 7 | 4 | 3 | 0 | 8:2 | 6 | 15 |
| 4 |
|
SpVgg Unterhaching | 7 | 4 | 1 | 2 | 8:6 | 2 | 13 |
| 5 |
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Alemannia Aachen | 7 | 3 | 3 | 1 | 6:3 | 3 | 12 |
| 6 |
|
VfB Stuttgart II | 7 | 3 | 2 | 2 | 6:4 | 2 | 11 |
| 7 |
|
Hallescher FC | 7 | 3 | 2 | 2 | 4:2 | 2 | 11 |
| 8 |
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1. FC Saarbrücken | 7 | 3 | 2 | 2 | 6:5 | 1 | 11 |
| 9 |
|
Arminia Bielefeld | 7 | 2 | 4 | 1 | 4:3 | 1 | 10 |
| 10 |
|
Hansa Rostock | 7 | 3 | 1 | 3 | 4:6 | -2 | 10 |
| 11 |
|
Stuttgarter Kickers | 7 | 2 | 3 | 2 | 4:3 | 1 | 9 |
| 12 |
|
1. FC Heidenheim 1846 | 7 | 2 | 3 | 2 | 5:5 | 0 | 9 |
| 13 |
|
SV Babelsberg 03 | 7 | 2 | 3 | 2 | 3:3 | 0 | 9 |
| 14 |
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Chemnitzer FC | 7 | 1 | 5 | 1 | 4:3 | 1 | 8 |
| 15 |
|
Karlsruher SC | 7 | 1 | 4 | 2 | 3:3 | 0 | 7 |
| 16 |
|
SV Wehen Wiesbaden | 7 | 2 | 1 | 4 | 5:9 | -4 | 7 |
| 17 |
|
Kickers Offenbach | 7 | 1 | 3 | 3 | 5:7 | -2 | 6 |
| 18 |
|
SV Darmstadt 98 | 7 | 0 | 3 | 4 | 2:6 | -4 | 3 |
| 19 |
|
Borussia Dortmund II | 7 | 0 | 2 | 5 | 1:9 | -8 | 2 |
| 20 |
|
Rot-Weiß Erfurt | 7 | 0 | 1 | 6 | 0:9 | -9 | 1 |
| Aufstieg | |
| Relegation | |
| Abstieg | |
| Abstieg |
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# Nach Beendigung der Saison werden Alemannia Aachen und Kickers Offenbach aufgrund von Verstößen im Rahmen des wirtschaftlichen Zulassungsverfahrens jeweils 2 Punkte abgezogen. # Alemannia Aachen wurde zudem aufgrund der nicht fristgerechten Rückzahlung von 200.000 Euro aus dem DFB-Kautionsfond mit einem Abzug von weiteren drei Punkten bestraft. # Kickers Offenbach wurde vom DFB die Lizenz für die Drittligasaison 2013/2014 verweigert. Dem SV Darmstadt 98 blieb infolgedessen der Abstieg in die Regionalliga erspart. |
