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| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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VfL Osnabrück | 27 | 17 | 6 | 4 | 31:8 | 23 | 57 |
| 2 |
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Preußen Münster | 27 | 15 | 11 | 1 | 28:7 | 21 | 56 |
| 3 |
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Arminia Bielefeld | 27 | 13 | 10 | 4 | 24:12 | 12 | 49 |
| 4 |
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Karlsruher SC | 27 | 11 | 12 | 4 | 31:9 | 22 | 45 |
| 5 |
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Wacker Burghausen | 27 | 12 | 8 | 7 | 20:17 | 3 | 44 |
| 6 |
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1. FC Heidenheim 1846 | 27 | 11 | 9 | 7 | 26:22 | 4 | 42 |
| 7 |
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SpVgg Unterhaching | 27 | 10 | 8 | 9 | 25:22 | 3 | 38 |
| 8 |
|
Kickers Offenbach | 27 | 8 | 12 | 7 | 19:17 | 2 | 36 |
| 9 |
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VfB Stuttgart II | 27 | 9 | 8 | 10 | 17:16 | 1 | 35 |
| 10 |
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Chemnitzer FC | 27 | 7 | 14 | 6 | 20:20 | 0 | 35 |
| 11 |
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Alemannia Aachen | 27 | 8 | 10 | 9 | 21:24 | -3 | 34 |
| 12 |
|
Hallescher FC | 27 | 8 | 8 | 11 | 18:23 | -5 | 32 |
| 13 |
|
Stuttgarter Kickers | 27 | 7 | 10 | 10 | 15:18 | -3 | 31 |
| 14 |
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1. FC Saarbrücken | 27 | 7 | 9 | 11 | 17:24 | -7 | 30 |
| 15 |
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Hansa Rostock | 27 | 5 | 12 | 10 | 9:21 | -12 | 27 |
| 16 |
|
Rot-Weiß Erfurt | 27 | 7 | 5 | 15 | 16:30 | -14 | 26 |
| 17 |
|
SV Wehen Wiesbaden | 27 | 4 | 13 | 10 | 13:22 | -9 | 25 |
| 18 |
|
SV Babelsberg 03 | 27 | 3 | 16 | 8 | 6:15 | -9 | 25 |
| 19 |
|
Borussia Dortmund II | 27 | 5 | 9 | 13 | 15:29 | -14 | 24 |
| 20 |
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SV Darmstadt 98 | 27 | 3 | 10 | 14 | 11:26 | -15 | 19 |
| Aufstieg | |
| Relegation | |
| Abstieg | |
| Abstieg |
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# Nach Beendigung der Saison werden Alemannia Aachen und Kickers Offenbach aufgrund von Verstößen im Rahmen des wirtschaftlichen Zulassungsverfahrens jeweils 2 Punkte abgezogen. # Alemannia Aachen wurde zudem aufgrund der nicht fristgerechten Rückzahlung von 200.000 Euro aus dem DFB-Kautionsfond mit einem Abzug von weiteren drei Punkten bestraft. # Kickers Offenbach wurde vom DFB die Lizenz für die Drittligasaison 2013/2014 verweigert. Dem SV Darmstadt 98 blieb infolgedessen der Abstieg in die Regionalliga erspart. |
