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| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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SpVgg Unterhaching | 38 | 17 | 13 | 8 | 33:19 | 14 | 64 |
| 2 |
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SC Paderborn 07 | 38 | 16 | 14 | 8 | 32:16 | 16 | 62 |
| 3 |
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Kickers Emden | 38 | 15 | 16 | 7 | 24:12 | 12 | 61 |
| 4 |
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1. FC Union Berlin | 38 | 13 | 20 | 5 | 22:12 | 10 | 59 |
| 5 |
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SV Sandhausen | 38 | 14 | 16 | 8 | 25:18 | 7 | 58 |
| 6 |
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VfB Stuttgart II | 38 | 15 | 12 | 11 | 30:19 | 11 | 57 |
| 7 |
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Fortuna Düsseldorf | 38 | 12 | 18 | 8 | 21:16 | 5 | 54 |
| 8 |
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Werder Bremen II | 38 | 10 | 20 | 8 | 24:26 | -2 | 50 |
| 9 |
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Eintracht Braunschweig | 38 | 12 | 13 | 13 | 24:25 | -1 | 49 |
| 10 |
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Bayern München II | 38 | 9 | 22 | 7 | 17:18 | -1 | 49 |
| 11 |
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Rot-Weiß Erfurt | 38 | 9 | 19 | 10 | 23:22 | 1 | 46 |
| 12 |
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Kickers Offenbach | 38 | 9 | 19 | 10 | 14:15 | -1 | 46 |
| 13 |
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Erzgebirge Aue | 38 | 9 | 18 | 11 | 19:20 | -1 | 45 |
| 14 |
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Wuppertaler SV | 38 | 9 | 17 | 12 | 20:22 | -2 | 44 |
| 15 |
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Jahn Regensburg | 38 | 7 | 18 | 13 | 12:21 | -9 | 39 |
| 16 |
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Dynamo Dresden | 38 | 5 | 23 | 10 | 20:26 | -6 | 38 |
| 17 |
|
VfR Aalen | 38 | 6 | 20 | 12 | 16:27 | -11 | 38 |
| 18 |
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FC Carl Zeiss Jena | 38 | 7 | 16 | 15 | 12:29 | -17 | 37 |
| 19 |
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Stuttgarter Kickers | 38 | 3 | 24 | 11 | 17:28 | -11 | 33 |
| 20 |
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Wacker Burghausen | 38 | 5 | 18 | 15 | 13:27 | -14 | 33 |
| Aufstieg | |
| Relegation | |
| Abstieg |
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# Den Stuttgarter Kickers wurden drei Punkte wegen eines nicht fristgerecht zurückgezahlten Darlehens aus dem DFB-Kautionsfond abgezogen. # Kickers Emden hat die Lizenz für die Saison 2009/2010 zurückgezogen und steht somit als Absteiger fest. Infolgedessen hat Wacker Burghausen die Klasse gehalten. |
