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| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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SpVgg Unterhaching | 37 | 16 | 13 | 8 | 32:19 | 13 | 61 |
| 2 |
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SC Paderborn 07 | 37 | 15 | 14 | 8 | 31:16 | 15 | 59 |
| 3 |
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1. FC Union Berlin | 37 | 13 | 20 | 4 | 22:10 | 12 | 59 |
| 4 |
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Kickers Emden | 37 | 14 | 16 | 7 | 22:12 | 10 | 58 |
| 5 |
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SV Sandhausen | 37 | 13 | 16 | 8 | 23:18 | 5 | 55 |
| 6 |
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VfB Stuttgart II | 37 | 14 | 12 | 11 | 29:19 | 10 | 54 |
| 7 |
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Fortuna Düsseldorf | 37 | 11 | 18 | 8 | 20:16 | 4 | 51 |
| 8 |
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Werder Bremen II | 37 | 10 | 20 | 7 | 24:25 | -1 | 50 |
| 9 |
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Eintracht Braunschweig | 37 | 12 | 13 | 12 | 24:24 | 0 | 49 |
| 10 |
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Bayern München II | 37 | 9 | 21 | 7 | 16:17 | -1 | 48 |
| 11 |
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Rot-Weiß Erfurt | 37 | 9 | 18 | 10 | 21:20 | 1 | 45 |
| 12 |
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Kickers Offenbach | 37 | 9 | 18 | 10 | 13:14 | -1 | 45 |
| 13 |
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Erzgebirge Aue | 37 | 9 | 17 | 11 | 19:20 | -1 | 44 |
| 14 |
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Wuppertaler SV | 37 | 9 | 16 | 12 | 18:20 | -2 | 43 |
| 15 |
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VfR Aalen | 37 | 6 | 20 | 11 | 16:26 | -10 | 38 |
| 16 |
|
Dynamo Dresden | 37 | 5 | 22 | 10 | 20:26 | -6 | 37 |
| 17 |
|
FC Carl Zeiss Jena | 37 | 7 | 16 | 14 | 12:27 | -15 | 37 |
| 18 |
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Jahn Regensburg | 37 | 6 | 18 | 13 | 11:21 | -10 | 36 |
| 19 |
|
Stuttgarter Kickers | 37 | 3 | 24 | 10 | 17:27 | -10 | 33 |
| 20 |
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Wacker Burghausen | 37 | 5 | 18 | 14 | 13:26 | -13 | 33 |
| Aufstieg | |
| Relegation | |
| Abstieg |
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# Den Stuttgarter Kickers wurden drei Punkte wegen eines nicht fristgerecht zurückgezahlten Darlehens aus dem DFB-Kautionsfond abgezogen. # Kickers Emden hat die Lizenz für die Saison 2009/2010 zurückgezogen und steht somit als Absteiger fest. Infolgedessen hat Wacker Burghausen die Klasse gehalten. |
