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| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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MŠK Žilina | 6 | 5 | 0 | 1 | 22:9 | 13 | 15 |
| 2 |
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Spartak Trnava | 6 | 5 | 0 | 1 | 9:4 | 5 | 15 |
| 3 |
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Slovan Bratislava | 6 | 4 | 2 | 0 | 13:6 | 7 | 14 |
| 4 |
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FC Nitra | 6 | 4 | 2 | 0 | 6:1 | 5 | 14 |
| 5 |
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MFK Ružomberok | 6 | 4 | 1 | 1 | 13:7 | 6 | 13 |
| 6 |
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Zlaté Moravce | 5 | 4 | 0 | 1 | 11:5 | 6 | 12 |
| 7 |
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FC DAC 1904 | 5 | 3 | 2 | 0 | 7:3 | 4 | 11 |
| 8 |
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Železiarne Podbrezová | 6 | 3 | 0 | 3 | 8:9 | -1 | 9 |
| 9 |
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AS Trenčín | 6 | 2 | 2 | 2 | 10:8 | 2 | 8 |
| 10 |
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MFK Zemplín Michalovce | 4 | 2 | 0 | 2 | 5:4 | 1 | 6 |
| 11 |
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FK Senica | 5 | 0 | 1 | 4 | 3:8 | -5 | 1 |
| 12 |
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1. FC Tatran Prešov | 5 | 0 | 1 | 4 | 3:20 | -17 | 1 |
| Playoffs | |
| Relegation |
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# Spartak Myjava zog sich im Januar 2017 aufgund finanzieller Probleme aus dem laufenden Wettbewerb zurück. In der Saison 2017/2018 sollte eigentlich VSS Košic nachrücken, ging aber ebenfalls pleite. Daher tritt nun der FC Nitra an. |
