# Mannschaft Sp. S. U. N. Tore Dif. Pk.
1 SC Paderborn 07, Deutschland SC Paderborn 07 16 11 2 3 33:17 16 35
2 Fortuna Düsseldorf, Deutschland Fortuna Düsseldorf 16 10 2 4 27:12 15 32
3 1. FC Union Berlin, Deutschland 1. FC Union Berlin 16 9 5 2 28:14 14 32
4 Kickers Emden, Deutschland Kickers Emden 16 9 4 3 22:14 8 31
5 Bayern München II, Deutschland Bayern München II 16 6 9 1 23:17 6 27
6 SpVgg Unterhaching, Deutschland SpVgg Unterhaching 16 7 5 4 22:20 2 26
7 Rot-Weiß Erfurt, Deutschland Rot-Weiß Erfurt 16 8 1 7 24:19 5 25
8 Kickers Offenbach, Deutschland Kickers Offenbach 16 6 6 4 22:17 5 24
9 VfB Stuttgart II, Deutschland VfB Stuttgart II 16 6 5 5 31:22 9 23
10 SV Sandhausen, Deutschland SV Sandhausen 16 6 5 5 28:24 4 23
11 Erzgebirge Aue, Deutschland Erzgebirge Aue 16 5 5 6 22:23 -1 20
12 FC Carl Zeiss Jena, Deutschland FC Carl Zeiss Jena 16 4 6 6 21:27 -6 18
13 VfR Aalen, Deutschland VfR Aalen 16 3 9 4 11:19 -8 18
14 Eintracht Braunschweig, Deutschland Eintracht Braunschweig 16 4 5 7 18:20 -2 17
15 Wuppertaler SV, Deutschland Wuppertaler SV 16 4 5 7 18:25 -7 17
16 Dynamo Dresden, Deutschland Dynamo Dresden 16 4 4 8 12:19 -7 16
17 Wacker Burghausen, Deutschland Wacker Burghausen 16 4 3 9 22:35 -13 15
18 Jahn Regensburg, Deutschland Jahn Regensburg 16 2 6 8 15:30 -15 12
19 Werder Bremen II, Deutschland Werder Bremen II 16 2 4 10 19:29 -10 10
20 Stuttgarter Kickers, Deutschland Stuttgarter Kickers 16 1 7 8 20:35 -15 7
  Aufstieg
  Relegation
  Abstieg

# Den Stuttgarter Kickers wurden drei Punkte wegen eines nicht fristgerecht zurückgezahlten Darlehens aus dem DFB-Kautionsfond abgezogen.

# Kickers Emden hat die Lizenz für die Saison 2009/2010 zurückgezogen und steht somit als Absteiger fest. Infolgedessen hat Wacker Burghausen die Klasse gehalten.

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