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| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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SC Paderborn 07 | 16 | 10 | 4 | 2 | 17:5 | 12 | 34 |
| 2 |
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SV Sandhausen | 16 | 8 | 4 | 4 | 10:7 | 3 | 28 |
| 3 |
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Bayern München II | 16 | 7 | 6 | 3 | 9:6 | 3 | 27 |
| 4 |
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VfB Stuttgart II | 16 | 7 | 5 | 4 | 15:8 | 7 | 26 |
| 5 |
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1. FC Union Berlin | 16 | 6 | 8 | 2 | 10:5 | 5 | 26 |
| 6 |
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Kickers Emden | 16 | 6 | 7 | 3 | 9:4 | 5 | 25 |
| 7 |
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Fortuna Düsseldorf | 16 | 5 | 9 | 2 | 11:5 | 6 | 24 |
| 8 |
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Rot-Weiß Erfurt | 16 | 5 | 8 | 3 | 12:7 | 5 | 23 |
| 9 |
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SpVgg Unterhaching | 16 | 5 | 7 | 4 | 10:9 | 1 | 22 |
| 10 |
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Eintracht Braunschweig | 16 | 5 | 6 | 5 | 12:12 | 0 | 21 |
| 11 |
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Werder Bremen II | 16 | 2 | 13 | 1 | 10:8 | 2 | 19 |
| 12 |
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Wacker Burghausen | 16 | 4 | 6 | 6 | 11:13 | -2 | 18 |
| 13 |
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FC Carl Zeiss Jena | 16 | 4 | 6 | 6 | 7:14 | -7 | 18 |
| 14 |
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Erzgebirge Aue | 16 | 3 | 7 | 6 | 7:11 | -4 | 16 |
| 15 |
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Stuttgarter Kickers | 16 | 2 | 10 | 4 | 10:15 | -5 | 16 |
| 16 |
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Wuppertaler SV | 16 | 2 | 9 | 5 | 7:11 | -4 | 15 |
| 17 |
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Kickers Offenbach | 16 | 3 | 6 | 7 | 5:9 | -4 | 15 |
| 18 |
|
VfR Aalen | 16 | 2 | 8 | 6 | 4:11 | -7 | 14 |
| 19 |
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Dynamo Dresden | 16 | 1 | 9 | 6 | 4:11 | -7 | 12 |
| 20 |
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Jahn Regensburg | 16 | 1 | 6 | 9 | 3:12 | -9 | 9 |
| Aufstieg | |
| Relegation | |
| Abstieg |
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# Den Stuttgarter Kickers wurden drei Punkte wegen eines nicht fristgerecht zurückgezahlten Darlehens aus dem DFB-Kautionsfond abgezogen. # Kickers Emden hat die Lizenz für die Saison 2009/2010 zurückgezogen und steht somit als Absteiger fest. Infolgedessen hat Wacker Burghausen die Klasse gehalten. |
