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| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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Fortuna Düsseldorf | 16 | 9 | 3 | 4 | 16:7 | 9 | 30 |
| 2 |
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1. FC Union Berlin | 16 | 7 | 7 | 2 | 18:9 | 9 | 28 |
| 3 |
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Kickers Offenbach | 16 | 7 | 6 | 3 | 17:8 | 9 | 27 |
| 4 |
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SC Paderborn 07 | 16 | 7 | 5 | 4 | 16:12 | 4 | 26 |
| 5 |
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Bayern München II | 16 | 7 | 4 | 5 | 14:11 | 3 | 25 |
| 6 |
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Kickers Emden | 16 | 6 | 7 | 3 | 13:10 | 3 | 25 |
| 7 |
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Erzgebirge Aue | 16 | 7 | 3 | 6 | 15:12 | 3 | 24 |
| 8 |
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SV Sandhausen | 16 | 7 | 3 | 6 | 18:17 | 1 | 24 |
| 9 |
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VfB Stuttgart II | 16 | 6 | 4 | 6 | 16:14 | 2 | 22 |
| 10 |
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SpVgg Unterhaching | 16 | 5 | 7 | 4 | 12:11 | 1 | 22 |
| 11 |
|
FC Carl Zeiss Jena | 16 | 5 | 6 | 5 | 14:13 | 1 | 21 |
| 12 |
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Rot-Weiß Erfurt | 16 | 6 | 3 | 7 | 12:12 | 0 | 21 |
| 13 |
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Dynamo Dresden | 16 | 4 | 8 | 4 | 8:8 | 0 | 20 |
| 14 |
|
Eintracht Braunschweig | 16 | 4 | 8 | 4 | 6:8 | -2 | 20 |
| 15 |
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Jahn Regensburg | 16 | 5 | 4 | 7 | 12:18 | -6 | 19 |
| 16 |
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VfR Aalen | 16 | 3 | 9 | 4 | 7:8 | -1 | 18 |
| 17 |
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Wuppertaler SV | 16 | 3 | 9 | 4 | 11:14 | -3 | 18 |
| 18 |
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Stuttgarter Kickers | 16 | 2 | 7 | 7 | 10:20 | -10 | 13 |
| 19 |
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Wacker Burghausen | 16 | 2 | 7 | 7 | 11:22 | -11 | 13 |
| 20 |
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Werder Bremen II | 16 | 1 | 4 | 11 | 9:21 | -12 | 7 |
| Aufstieg | |
| Relegation | |
| Abstieg |
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# Den Stuttgarter Kickers wurden drei Punkte wegen eines nicht fristgerecht zurückgezahlten Darlehens aus dem DFB-Kautionsfond abgezogen. # Kickers Emden hat die Lizenz für die Saison 2009/2010 zurückgezogen und steht somit als Absteiger fest. Infolgedessen hat Wacker Burghausen die Klasse gehalten. |
