# Mannschaft Sp. S. U. N. Tore Dif. Pk.
1 1. FC Union Berlin, Deutschland 1. FC Union Berlin 27 17 8 2 43:16 27 59
2 SC Paderborn 07, Deutschland SC Paderborn 07 27 16 4 7 51:28 23 52
3 Fortuna Düsseldorf, Deutschland Fortuna Düsseldorf 27 14 5 8 39:24 15 47
4 Kickers Emden, Deutschland Kickers Emden 27 13 7 7 36:26 10 46
5 Kickers Offenbach, Deutschland Kickers Offenbach 27 11 10 6 35:23 12 43
6 Bayern München II, Deutschland Bayern München II 27 10 13 4 36:25 11 43
7 Rot-Weiß Erfurt, Deutschland Rot-Weiß Erfurt 27 12 6 9 37:30 7 42
8 SpVgg Unterhaching, Deutschland SpVgg Unterhaching 27 12 6 9 34:37 -3 42
9 SV Sandhausen, Deutschland SV Sandhausen 27 10 8 9 43:37 6 38
10 VfB Stuttgart II, Deutschland VfB Stuttgart II 27 10 6 11 43:35 8 36
11 Eintracht Braunschweig, Deutschland Eintracht Braunschweig 27 9 6 12 30:32 -2 33
12 Erzgebirge Aue, Deutschland Erzgebirge Aue 27 7 10 10 31:33 -2 31
13 Dynamo Dresden, Deutschland Dynamo Dresden 27 7 9 11 28:33 -5 30
14 VfR Aalen, Deutschland VfR Aalen 27 5 14 8 20:32 -12 29
15 Wacker Burghausen, Deutschland Wacker Burghausen 27 7 8 12 30:45 -15 29
16 Wuppertaler SV, Deutschland Wuppertaler SV 27 7 7 13 24:38 -14 28
17 Jahn Regensburg, Deutschland Jahn Regensburg 27 6 10 11 26:41 -15 28
18 FC Carl Zeiss Jena, Deutschland FC Carl Zeiss Jena 27 6 8 13 26:45 -19 26
19 Werder Bremen II, Deutschland Werder Bremen II 27 6 6 15 33:46 -13 24
20 Stuttgarter Kickers, Deutschland Stuttgarter Kickers 27 5 9 13 31:50 -19 21
  Aufstieg
  Relegation
  Abstieg

# Den Stuttgarter Kickers wurden drei Punkte wegen eines nicht fristgerecht zurückgezahlten Darlehens aus dem DFB-Kautionsfond abgezogen.

# Kickers Emden hat die Lizenz für die Saison 2009/2010 zurückgezogen und steht somit als Absteiger fest. Infolgedessen hat Wacker Burghausen die Klasse gehalten.

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