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| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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1. FC Union Berlin | 14 | 10 | 4 | 0 | 25:7 | 18 | 34 |
| 2 |
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Kickers Offenbach | 14 | 9 | 4 | 1 | 25:9 | 16 | 31 |
| 3 |
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SpVgg Unterhaching | 13 | 9 | 2 | 2 | 18:8 | 10 | 29 |
| 4 |
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Fortuna Düsseldorf | 13 | 8 | 4 | 1 | 23:12 | 11 | 28 |
| 5 |
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Bayern München II | 13 | 7 | 5 | 1 | 21:11 | 10 | 26 |
| 6 |
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Rot-Weiß Erfurt | 13 | 8 | 2 | 3 | 23:14 | 9 | 26 |
| 7 |
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SC Paderborn 07 | 13 | 7 | 4 | 2 | 19:7 | 12 | 25 |
| 8 |
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SV Sandhausen | 13 | 7 | 3 | 3 | 25:12 | 13 | 24 |
| 9 |
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VfB Stuttgart II | 14 | 7 | 3 | 4 | 22:12 | 10 | 24 |
| 10 |
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Kickers Emden | 13 | 7 | 3 | 3 | 22:13 | 9 | 24 |
| 11 |
|
Eintracht Braunschweig | 14 | 6 | 4 | 4 | 21:14 | 7 | 22 |
| 12 |
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VfR Aalen | 14 | 4 | 8 | 2 | 12:9 | 3 | 20 |
| 13 |
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Werder Bremen II | 14 | 5 | 4 | 5 | 24:22 | 2 | 19 |
| 14 |
|
Dynamo Dresden | 14 | 4 | 6 | 4 | 17:18 | -1 | 18 |
| 15 |
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Wacker Burghausen | 14 | 5 | 3 | 6 | 17:21 | -4 | 18 |
| 16 |
|
Wuppertaler SV | 14 | 5 | 3 | 6 | 17:22 | -5 | 18 |
| 17 |
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Erzgebirge Aue | 13 | 4 | 4 | 5 | 13:13 | 0 | 16 |
| 18 |
|
Jahn Regensburg | 13 | 4 | 3 | 6 | 12:20 | -8 | 15 |
| 19 |
|
FC Carl Zeiss Jena | 14 | 3 | 6 | 5 | 14:23 | -9 | 15 |
| 20 |
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Stuttgarter Kickers | 13 | 3 | 5 | 5 | 17:22 | -5 | 14 |
| Aufstieg | |
| Relegation | |
| Abstieg |
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# Den Stuttgarter Kickers wurden drei Punkte wegen eines nicht fristgerecht zurückgezahlten Darlehens aus dem DFB-Kautionsfond abgezogen. # Kickers Emden hat die Lizenz für die Saison 2009/2010 zurückgezogen und steht somit als Absteiger fest. Infolgedessen hat Wacker Burghausen die Klasse gehalten. |
