| 15. Spieltag | 15.11.2008 | Bayern München II | - | Rot-Weiß Erfurt | 1:0 | ||||
| 22. Spieltag | 14.02.2009 | Dynamo Dresden | - | Bayern München II | 3:2 | ||||
| 23. Spieltag | 17.03.2009 | Bayern München II | - | Eintracht Braunschweig | 0:1 | ||||
| 33. Spieltag | 26.04.2009 | Bayern München II | - | Erzgebirge Aue | 2:3 |  |
|||
| 34. Spieltag | 01.05.2009 | Rot-Weiß Erfurt | - | Bayern München II | 1:1 | ||||
| 35. Spieltag | 09.05.2009 | Bayern München II | - | Kickers Emden | 4:0 | |
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| 36. Spieltag | 13.05.2009 | Bayern München II | - | Wacker Burghausen | 3:1 | ||||
| 37. Spieltag | 16.05.2009 | VfB Stuttgart II | - | Bayern München II | 2:2 | ||||
| 38. Spieltag | 23.05.2009 | Bayern München II | - | Kickers Offenbach | 1:1 |
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