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| 14.02.2009 | 14:00 | Dynamo Dresden | - | Bayern München II | 3:2 (2:2) | |
| 14:00 | Eintracht Braunschweig | - | Kickers Emden | 2:1 (0:1) | ||
| 14:00 | FC Carl Zeiss Jena | - | Rot-Weiß Erfurt | 1:1 (0:0) | ||
| 14:00 | SC Paderborn 07 | - | SV Sandhausen | 1:2 (0:0) | ||
| 14:00 | Fortuna Düsseldorf | - | Wacker Burghausen | 3:1 (1:0) | ||
| 15.02.2009 | 14:00 | 1. FC Union Berlin | - | Kickers Offenbach | 1:0 (1:0) | |
| 10.03.2009 | 17:30 | Werder Bremen II | - | Jahn Regensburg | 2:2 (1:0) | |
| 11.03.2009 | 19:00 | VfR Aalen | - | Erzgebirge Aue | 0:0 (0:0) | |
| 19:00 | Stuttgarter Kickers | - | SpVgg Unterhaching | 2:1 (1:1) | ||
| 19:00 | Wuppertaler SV | - | VfB Stuttgart II | 2:0 (1:0) |
| » Tabelle | Heim | Auswärts | Hinrunde | Rückrunde | 1. Halbzeit | 2. Halbzeit |
| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
|
1. FC Union Berlin | 22 | 13 | 7 | 2 | 37:15 | 22 | 46 |
| 2 |
|
SC Paderborn 07 | 22 | 13 | 3 | 6 | 40:25 | 15 | 42 |
| 3 |
|
Fortuna Düsseldorf | 22 | 12 | 4 | 6 | 33:17 | 16 | 40 |
| 4 |
|
Kickers Emden | 22 | 11 | 6 | 5 | 30:21 | 9 | 39 |
| 5 |
|
Rot-Weiß Erfurt | 22 | 10 | 5 | 7 | 31:23 | 8 | 35 |
| 6 |
|
SpVgg Unterhaching | 22 | 10 | 5 | 7 | 29:30 | -1 | 35 |
| 7 |
|
Kickers Offenbach | 22 | 8 | 9 | 5 | 27:19 | 8 | 33 |
| 8 |
|
Bayern München II | 22 | 7 | 12 | 3 | 28:23 | 5 | 33 |
| 9 |
|
SV Sandhausen | 22 | 8 | 7 | 7 | 34:30 | 4 | 31 |
| 10 |
|
Erzgebirge Aue | 22 | 7 | 7 | 8 | 30:29 | 1 | 28 |
| 11 |
|
VfB Stuttgart II | 22 | 7 | 6 | 9 | 35:31 | 4 | 27 |
| 12 |
|
Eintracht Braunschweig | 22 | 7 | 6 | 9 | 27:27 | 0 | 27 |
| 13 |
|
FC Carl Zeiss Jena | 22 | 6 | 8 | 8 | 25:34 | -9 | 26 |
| 14 |
|
Dynamo Dresden | 22 | 6 | 7 | 9 | 22:27 | -5 | 25 |
| 15 |
|
VfR Aalen | 22 | 4 | 12 | 6 | 17:25 | -8 | 24 |
| 16 |
|
Jahn Regensburg | 22 | 5 | 9 | 8 | 22:32 | -10 | 24 |
| 17 |
|
Wuppertaler SV | 22 | 5 | 6 | 11 | 20:33 | -13 | 21 |
| 18 |
|
Wacker Burghausen | 22 | 5 | 6 | 11 | 25:41 | -16 | 21 |
| 19 |
|
Werder Bremen II | 22 | 4 | 5 | 13 | 29:40 | -11 | 17 |
| 20 |
|
Stuttgarter Kickers | 22 | 3 | 8 | 11 | 26:45 | -19 | 14 |
| Aufstieg | |
| Relegation | |
| Abstieg |
|
# Den Stuttgarter Kickers wurden drei Punkte wegen eines nicht fristgerecht zurückgezahlten Darlehens aus dem DFB-Kautionsfond abgezogen. # Kickers Emden hat die Lizenz für die Saison 2009/2010 zurückgezogen und steht somit als Absteiger fest. Infolgedessen hat Wacker Burghausen die Klasse gehalten. |
