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| 01.05.2009 | 18:00 | Rot-Weiß Erfurt | - | Bayern München II | 1:1 (0:0) | |
| 02.05.2009 | 14:00 | SC Paderborn 07 | - | FC Carl Zeiss Jena | 2:0 (1:0) | |
| 14:00 | Stuttgarter Kickers | - | Eintracht Braunschweig | 3:1 (1:1) | ||
| 14:00 | Fortuna Düsseldorf | - | Dynamo Dresden | 1:0 (1:0) | ||
| 14:00 | Jahn Regensburg | - | Kickers Offenbach | 1:1 (1:1) | ||
| 14:00 | Erzgebirge Aue | - | VfB Stuttgart II | 0:3 (0:1) | ||
| 14:00 | Kickers Emden | - | Wacker Burghausen | 1:1 (0:0) | ||
| 03.05.2009 | 14:00 | Werder Bremen II | - | VfR Aalen | 3:1 (0:1) | |
| 14:00 | SpVgg Unterhaching | - | Wuppertaler SV | 1:1 (1:0) | ||
| 14:00 | SV Sandhausen | - | 1. FC Union Berlin | 0:0 (0:0) |
| » Tabelle | Heim | Auswärts | Hinrunde | Rückrunde | 1. Halbzeit | 2. Halbzeit |
| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
|
1. FC Union Berlin | 34 | 20 | 11 | 3 | 53:19 | 34 | 71 |
| 2 |
|
SC Paderborn 07 | 34 | 18 | 7 | 9 | 56:33 | 23 | 61 |
| 3 |
|
SpVgg Unterhaching | 34 | 18 | 7 | 9 | 50:40 | 10 | 61 |
| 4 |
|
Fortuna Düsseldorf | 34 | 17 | 8 | 9 | 45:27 | 18 | 59 |
| 5 |
|
Kickers Emden | 34 | 14 | 10 | 10 | 40:37 | 3 | 52 |
| 6 |
|
Bayern München II | 34 | 12 | 15 | 7 | 44:34 | 10 | 51 |
| 7 |
|
Kickers Offenbach | 34 | 12 | 12 | 10 | 38:33 | 5 | 48 |
| 8 |
|
SV Sandhausen | 34 | 12 | 11 | 11 | 51:44 | 7 | 47 |
| 9 |
|
Rot-Weiß Erfurt | 34 | 13 | 8 | 13 | 41:41 | 0 | 47 |
| 10 |
|
Erzgebirge Aue | 34 | 12 | 10 | 12 | 42:40 | 2 | 46 |
| 11 |
|
VfB Stuttgart II | 34 | 12 | 9 | 13 | 54:43 | 11 | 45 |
| 12 |
|
Eintracht Braunschweig | 34 | 12 | 7 | 15 | 38:39 | -1 | 43 |
| 13 |
|
Dynamo Dresden | 34 | 11 | 9 | 14 | 39:42 | -3 | 42 |
| 14 |
|
Jahn Regensburg | 34 | 9 | 12 | 13 | 32:46 | -14 | 39 |
| 15 |
|
Wuppertaler SV | 34 | 9 | 11 | 14 | 32:41 | -9 | 38 |
| 16 |
|
FC Carl Zeiss Jena | 34 | 9 | 9 | 16 | 35:53 | -18 | 36 |
|
Wacker Burghausen | 34 | 9 | 9 | 16 | 35:53 | -18 | 36 | |
| 18 |
|
VfR Aalen | 34 | 7 | 14 | 13 | 29:52 | -23 | 35 |
| 19 |
|
Werder Bremen II | 34 | 8 | 9 | 17 | 43:55 | -12 | 33 |
| 20 |
|
Stuttgarter Kickers | 34 | 7 | 10 | 17 | 37:62 | -25 | 28 |
| Aufstieg | |
| Relegation | |
| Abstieg |
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# Den Stuttgarter Kickers wurden drei Punkte wegen eines nicht fristgerecht zurückgezahlten Darlehens aus dem DFB-Kautionsfond abgezogen. # Kickers Emden hat die Lizenz für die Saison 2009/2010 zurückgezogen und steht somit als Absteiger fest. Infolgedessen hat Wacker Burghausen die Klasse gehalten. |
