| 9. Spieltag | 24.09.2016 | Northampton Town | - | Southend United | 4:0 | ||||
| 10. Spieltag | 27.09.2016 | Southend United | - | Oxford United | 2:1 |  |
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| 11. Spieltag | 01.10.2016 | Southend United | - | Peterborough United | 1:1 | |
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| 12. Spieltag | 08.10.2016 | Rochdale AFC | - | Southend United | 3:0 | |
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| 33. Spieltag | 18.02.2017 | Southend United | - | Northampton Town | 2:2 | ||||
| 26. Spieltag | 21.02.2017 | Peterborough United | - | Southend United | 1:4 | ||||
| 34. Spieltag | 25.02.2017 | Gillingham FC | - | Southend United | 2:1 |  |
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| 38. Spieltag | 14.03.2017 | Coventry City | - | Southend United | 0:2 | ||||
| 39. Spieltag | 18.03.2017 | Southend United | - | Walsall FC | 3:2 | |
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| 28. Spieltag | 04.04.2017 | Southend United | - | Bolton Wanderers | 0:1 |
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