| 1. Spieltag | 09.08.2008 | Wycombe Wanderers | - | Morecambe FC | 1:1 | ||||
| 2. Spieltag | 16.08.2008 | Morecambe FC | - | Rotherham United | 1:3 | ||||
| 3. Spieltag | 23.08.2008 | Bury FC | - | Morecambe FC | 2:1 |  |
|||
| 4. Spieltag | 30.08.2008 | Morecambe FC | - | Dagenham & Redbridge | 1:2 | ||||
| 5. Spieltag | 06.09.2008 | Morecambe FC | - | Shrewsbury Town | 1:0 | ||||
| 26. Spieltag | 17.01.2009 | Morecambe FC | - | Gillingham FC | 0:1 | ||||
| 27. Spieltag | 24.01.2009 | Chesterfield FC | - | Morecambe FC | 1:2 | ||||
| 28. Spieltag | 27.01.2009 | Accrington Stanley | - | Morecambe FC | 1:0 | ||||
| 24. Spieltag | 10.02.2009 | Morecambe FC | - | Lincoln City | 1:1 | ||||
| 45. Spieltag | 25.04.2009 | Exeter City | - | Morecambe FC | 2:2 | ||||
| 46. Spieltag | 02.05.2009 | Morecambe FC | - | AFC Bournemouth | 0:4 |
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