| 14. Spieltag | 28.10.2008 | Leyton Orient | - | Milton Keynes Dons | 1:2 | ||||
| 20. Spieltag | 12.12.2008 | Brighton & Hove Albion | - | Milton Keynes Dons | 2:4 | ||||
| 21. Spieltag | 20.12.2008 | Milton Keynes Dons | - | Leeds United | 3:1 | ||||
| 22. Spieltag | 26.12.2008 | Bristol Rovers | - | Milton Keynes Dons | 1:2 | ||||
| 23. Spieltag | 28.12.2008 | Milton Keynes Dons | - | Southend United | 2:0 | ||||
| 25. Spieltag | 12.01.2009 | Milton Keynes Dons | - | Colchester United | 1:1 |  |
|||
| 24. Spieltag | 20.01.2009 | Peterborough United | - | Milton Keynes Dons | 0:0 | ||||
| 28. Spieltag | 27.01.2009 | Milton Keynes Dons | - | Leyton Orient | 1:2 | ||||
| 31. Spieltag | 24.03.2009 | Milton Keynes Dons | - | Crewe Alexandra | 2:2 | |
|||
| 41. Spieltag | 04.04.2009 | Milton Keynes Dons | - | Brighton & Hove Albion | 2:0 | ||||
| 42. Spieltag | 10.04.2009 | Southend United | - | Milton Keynes Dons | 0:2 | |
|||
| 43. Spieltag | 13.04.2009 | Milton Keynes Dons | - | Bristol Rovers | 2:1 | ||||
| 44. Spieltag | 18.04.2009 | Scunthorpe United | - | Milton Keynes Dons | 0:1 | ||||
| 45. Spieltag | 25.04.2009 | Milton Keynes Dons | - | Walsall FC | 0:1 | ||||
| 46. Spieltag | 02.05.2009 | Hereford United | - | Milton Keynes Dons | 0:1 |  |
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