| 1. Spieltag | 18.08.2012 | Southend United | - | Accrington Stanley | 0:1 | ||||
| 2. Spieltag | 21.08.2012 | Oxford United | - | Southend United | 2:0 | ||||
| 3. Spieltag | 25.08.2012 | Northampton Town | - | Southend United | 3:3 |  |
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| 4. Spieltag | 01.09.2012 | Southend United | - | Wycombe Wanderers | 1:0 | |
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| 5. Spieltag | 08.09.2012 | Southend United | - | Dagenham & Redbridge | 3:1 | ||||
| 6. Spieltag | 15.09.2012 | Cheltenham Town | - | Southend United | 1:3 | ||||
| 7. Spieltag | 18.09.2012 | Gillingham FC | - | Southend United | 1:0 | ||||
| 8. Spieltag | 22.09.2012 | Southend United | - | Exeter City | 2:1 | ||||
| 9. Spieltag | 29.09.2012 | Plymouth Argyle | - | Southend United | 1:1 | ||||
| 10. Spieltag | 02.10.2012 | Southend United | - | Burton Albion | 0:1 |  |
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| 13. Spieltag | 20.10.2012 | Morecambe FC | - | Southend United | 1:0 | ||||
| 14. Spieltag | 23.10.2012 | Southend United | - | Aldershot Town | 1:2 | ||||
| 38. Spieltag | 12.03.2013 | Southend United | - | AFC Wimbledon | 1:3 |
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