| 34. Spieltag | 28.02.2009 | Cheltenham Town | - | Northampton Town | 0:1 | ||||
| 36. Spieltag | 07.03.2009 | Northampton Town | - | Tranmere Rovers | 1:1 | ||||
| 37. Spieltag | 10.03.2009 | Millwall FC | - | Northampton Town | 1:0 | ||||
| 38. Spieltag | 14.03.2009 | Peterborough United | - | Northampton Town | 1:0 | ||||
| 39. Spieltag | 21.03.2009 | Northampton Town | - | Stockport County | 4:0 | ||||
| 30. Spieltag | 24.03.2009 | Northampton Town | - | Swindon Town | 3:4 |  |
|||
| 31. Spieltag | 31.03.2009 | Yeovil Town | - | Northampton Town | 1:0 | ||||
| 42. Spieltag | 10.04.2009 | Bristol Rovers | - | Northampton Town | 1:0 | ||||
| 43. Spieltag | 13.04.2009 | Northampton Town | - | Southend United | 2:3 | ||||
| 44. Spieltag | 18.04.2009 | Leyton Orient | - | Northampton Town | 1:3 | |
 |
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| 41. Spieltag | 21.04.2009 | Northampton Town | - | Scunthorpe United | 3:3 | |
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| 45. Spieltag | 25.04.2009 | Northampton Town | - | Hereford United | 2:1 | ||||
| 35. Spieltag | 28.04.2009 | Northampton Town | - | Milton Keynes Dons | 0:1 | ||||
| 46. Spieltag | 02.05.2009 | Leeds United | - | Northampton Town | 3:0 |
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