| 25. Spieltag | 10.01.2009 | Lincoln City | - | Brentford FC | 2:2 | ||||
| 26. Spieltag | 17.01.2009 | Rochdale AFC | - | Lincoln City | 2:2 | ||||
| 27. Spieltag | 24.01.2009 | Lincoln City | - | Chester City | 1:1 | ||||
| 28. Spieltag | 27.01.2009 | Gillingham FC | - | Lincoln City | 1:2 |  |
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| 29. Spieltag | 31.01.2009 | Lincoln City | - | AFC Bournemouth | 3:3 | ||||
| 34. Spieltag | 28.02.2009 | Lincoln City | - | Rotherham United | 0:1 | |
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| 35. Spieltag | 03.03.2009 | Dagenham & Redbridge | - | Lincoln City | 0:3 | ||||
| 36. Spieltag | 07.03.2009 | Grimsby Town | - | Lincoln City | 5:1 | ||||
| 37. Spieltag | 10.03.2009 | Lincoln City | - | Wycombe Wanderers | 1:0 | ||||
| 32. Spieltag | 17.03.2009 | Lincoln City | - | Darlington FC | 0:1 | ||||
| 39. Spieltag | 21.03.2009 | Barnet FC | - | Lincoln City | 3:2 | ||||
| 31. Spieltag | 07.04.2009 | Chesterfield FC | - | Lincoln City | 1:1 | ||||
| 42. Spieltag | 11.04.2009 | Lincoln City | - | Luton Town | 0:0 | ||||
| 43. Spieltag | 13.04.2009 | Bradford City | - | Lincoln City | 1:1 | ||||
| 44. Spieltag | 18.04.2009 | Lincoln City | - | Exeter City | 0:1 | ||||
| 45. Spieltag | 25.04.2009 | Shrewsbury Town | - | Lincoln City | 0:0 | ||||
| 46. Spieltag | 02.05.2009 | Lincoln City | - | Aldershot Town | 0:2 |
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