| 28. Spieltag | 14.01.2006 | Chester City | - | Boston United | 0:1 | ||||
| 29. Spieltag | 21.01.2006 | Boston United | - | Bury FC | 3:1 | ||||
| 30. Spieltag | 28.01.2006 | Rochdale AFC | - | Boston United | 1:1 |  |
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| 31. Spieltag | 04.02.2006 | Boston United | - | Darlington FC | 0:0 | |
|||
| 32. Spieltag | 11.02.2006 | Grimsby Town | - | Boston United | 1:0 | ||||
| 34. Spieltag | 18.02.2006 | Boston United | - | Wycombe Wanderers | 1:1 | ||||
| 35. Spieltag | 25.02.2006 | Stockport County | - | Boston United | 0:1 | ||||
| 37. Spieltag | 11.03.2006 | Mansfield Town | - | Boston United | 5:0 | ||||
| 38. Spieltag | 18.03.2006 | Boston United | - | Lincoln City | 2:1 | ||||
| 36. Spieltag | 22.03.2006 | Boston United | - | Northampton Town | 0:1 | ||||
| 39. Spieltag | 25.03.2006 | Carlisle United | - | Boston United | 4:2 | ||||
| 33. Spieltag | 29.03.2006 | Boston United | - | Chester City | 1:3 | ||||
| 43. Spieltag | 17.04.2006 | Boston United | - | Oxford United | 1:0 | ||||
| 46. Spieltag | 06.05.2006 | Torquay United | - | Boston United | 0:0 |
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