| 9. Spieltag | 17.09.2011 | Hereford United | - | Gillingham FC | 1:6 |  |
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| 10. Spieltag | 24.09.2011 | Gillingham FC | - | Burton Albion | 3:1 | |
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| 11. Spieltag | 01.10.2011 | AFC Wimbledon | - | Gillingham FC | 3:1 |  |
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| 12. Spieltag | 08.10.2011 | Gillingham FC | - | Port Vale FC | 1:1 | ||||
| 13. Spieltag | 15.10.2011 | Torquay United | - | Gillingham FC | 2:5 | |
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| 14. Spieltag | 22.10.2011 | Gillingham FC | - | Oxford United | 1:0 | ||||
| 15. Spieltag | 25.10.2011 | Swindon Town | - | Gillingham FC | 2:0 | ||||
| 16. Spieltag | 29.10.2011 | Morecambe FC | - | Gillingham FC | 2:1 | |
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| 17. Spieltag | 05.11.2011 | Gillingham FC | - | Northampton Town | 4:3 | ||||
| 18. Spieltag | 19.11.2011 | Aldershot Town | - | Gillingham FC | 1:2 | |
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| 19. Spieltag | 26.11.2011 | Gillingham FC | - | Bradford City | 0:0 | ||||
| 20. Spieltag | 10.12.2011 | Macclesfield Town | - | Gillingham FC | 0:0 | ||||
| 21. Spieltag | 17.12.2011 | Gillingham FC | - | Bristol Rovers | 4:1 |
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