| 31. Spieltag | 03.02.2007 | Boston United | - | Grimsby Town | 0:6 | ||||
| 32. Spieltag | 10.02.2007 | Darlington FC | - | Boston United | 2:0 | ||||
| 33. Spieltag | 17.02.2007 | Boston United | - | Shrewsbury Town | 0:3 |  |
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| 34. Spieltag | 20.02.2007 | Peterborough United | - | Boston United | 1:1 | ||||
| 35. Spieltag | 24.02.2007 | Boston United | - | Hartlepool United | 0:1 | ||||
| 36. Spieltag | 03.03.2007 | Milton Keynes Dons | - | Boston United | 3:2 | |
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| 37. Spieltag | 10.03.2007 | Boston United | - | Bristol Rovers | 2:1 | ||||
| 38. Spieltag | 17.03.2007 | Mansfield Town | - | Boston United | 1:2 | ||||
| 39. Spieltag | 23.03.2007 | Wycombe Wanderers | - | Boston United | 0:0 | ||||
| 40. Spieltag | 31.03.2007 | Boston United | - | Bury FC | 0:1 | ||||
| 41. Spieltag | 07.04.2007 | Notts County | - | Boston United | 2:0 | ||||
| 42. Spieltag | 09.04.2007 | Boston United | - | Macclesfield Town | 4:1 | ||||
| 43. Spieltag | 14.04.2007 | Hereford United | - | Boston United | 3:0 | ||||
| 44. Spieltag | 21.04.2007 | Boston United | - | Chester City | 1:0 | ||||
| 45. Spieltag | 28.04.2007 | Boston United | - | Torquay United | 1:1 | |
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| 46. Spieltag | 05.05.2007 | Wrexham FC | - | Boston United | 3:1 |
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