| 10. Spieltag | 23.10.2016 | Erzgebirge Aue | - | 1. FC Union Berlin | 1:3 | ||||
| 20. Spieltag | 12.02.2017 | 1. FC Union Berlin | - | Arminia Bielefeld | 3:1 |  |
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| 23. Spieltag | 03.03.2017 | 1. FC Union Berlin | - | Würzburger Kickers | 2:0 | ||||
| 24. Spieltag | 10.03.2017 | FC St. Pauli | - | 1. FC Union Berlin | 1:2 | |
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| 33. Spieltag | 14.05.2017 | 1. FC Union Berlin | - | 1. FC Heidenheim 1846 | 0:1 | ||||
| 34. Spieltag | 21.05.2017 | SpVgg Greuther Fürth | - | 1. FC Union Berlin | 1:2 |
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