| 3. Spieltag | 25.08.2012 | Northampton Town | - | Southend United | 3:3 | ||||
| 5. Spieltag | 08.09.2012 | Southend United | - | Dagenham & Redbridge | 3:1 | ||||
| 6. Spieltag | 15.09.2012 | Cheltenham Town | - | Southend United | 1:3 | ||||
| 7. Spieltag | 18.09.2012 | Gillingham FC | - | Southend United | 1:0 |  |
|||
| 8. Spieltag | 22.09.2012 | Southend United | - | Exeter City | 2:1 | ||||
| 9. Spieltag | 29.09.2012 | Plymouth Argyle | - | Southend United | 1:1 | ||||
| 10. Spieltag | 02.10.2012 | Southend United | - | Burton Albion | 0:1 | ||||
| 11. Spieltag | 06.10.2012 | Southend United | - | Barnet FC | 2:2 | ||||
| 12. Spieltag | 13.10.2012 | Rotherham United | - | Southend United | 0:3 |  |
|||
| 13. Spieltag | 20.10.2012 | Morecambe FC | - | Southend United | 1:0 | ||||
| 14. Spieltag | 23.10.2012 | Southend United | - | Aldershot Town | 1:2 | ||||
| 15. Spieltag | 27.10.2012 | Southend United | - | York City | 0:0 | ||||
| 25. Spieltag | 29.12.2012 | Burton Albion | - | Southend United | 2:0 | ||||
| 28. Spieltag | 12.01.2013 | Exeter City | - | Southend United | 3:0 | |
England