| 1. Spieltag | 18.08.2012 | Gillingham FC | - | Bradford City | 3:1 | ||||
| 2. Spieltag | 21.08.2012 | Wycombe Wanderers | - | Gillingham FC | 0:1 | ||||
| 8. Spieltag | 22.09.2012 | Port Vale FC | - | Gillingham FC | 0:2 |  |
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| 9. Spieltag | 29.09.2012 | Gillingham FC | - | Rochdale AFC | 1:2 |  |
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| 16. Spieltag | 06.11.2012 | Gillingham FC | - | Cheltenham Town | 0:0 | ||||
| 17. Spieltag | 10.11.2012 | Plymouth Argyle | - | Gillingham FC | 2:2 | ||||
| 18. Spieltag | 17.11.2012 | Gillingham FC | - | Morecambe FC | 2:1 | ||||
| 19. Spieltag | 20.11.2012 | Gillingham FC | - | Exeter City | 2:3 |  |
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| 20. Spieltag | 24.11.2012 | Accrington Stanley | - | Gillingham FC | 1:1 | ||||
| 26. Spieltag | 01.01.2013 | Southend United | - | Gillingham FC | 0:1 |
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