| 2. Spieltag | 09.08.2006 | Boston United | - | Peterborough United | 0:1 | ||||
| 3. Spieltag | 12.08.2006 | Boston United | - | Darlington FC | 4:1 | ||||
| 4. Spieltag | 19.08.2006 | Shrewsbury Town | - | Boston United | 5:0 | ||||
| 5. Spieltag | 26.08.2006 | Boston United | - | Milton Keynes Dons | 0:1 | ||||
| 6. Spieltag | 01.09.2006 | Hartlepool United | - | Boston United | 2:1 |  |
|||
| 7. Spieltag | 09.09.2006 | Boston United | - | Stockport County | 2:1 | ||||
| 11. Spieltag | 27.09.2006 | Boston United | - | Lincoln City | 1:0 | ||||
| 13. Spieltag | 07.10.2006 | Bristol Rovers | - | Boston United | 1:0 | ||||
| 14. Spieltag | 14.10.2006 | Boston United | - | Mansfield Town | 1:1 | ||||
| 15. Spieltag | 21.10.2006 | Bury FC | - | Boston United | 2:1 | ||||
| 25. Spieltag | 30.12.2006 | Rochdale AFC | - | Boston United | 4:0 | ||||
| 26. Spieltag | 01.01.2007 | Boston United | - | Barnet FC | 2:1 | ||||
| 27. Spieltag | 06.01.2007 | Boston United | - | Accrington Stanley | 1:0 | ||||
| 28. Spieltag | 13.01.2007 | Stockport County | - | Boston United | 2:0 |
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