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| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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VfB Eichstätt | 15 | 10 | 3 | 2 | 32:16 | 16 | 33 |
| 2 |
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Bayern München II | 15 | 9 | 4 | 2 | 31:15 | 16 | 31 |
| 3 |
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1. FC Nürnberg II | 15 | 8 | 4 | 3 | 29:16 | 13 | 28 |
| 4 |
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1. FC Schweinfurt 05 | 15 | 8 | 3 | 4 | 28:15 | 13 | 27 |
| 5 |
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FC Ingolstadt 04 II | 15 | 7 | 3 | 5 | 23:22 | 1 | 24 |
| 6 |
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SpVgg Bayreuth | 15 | 6 | 4 | 5 | 18:15 | 3 | 22 |
| 7 |
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FV Illertissen | 15 | 6 | 3 | 6 | 28:27 | 1 | 21 |
| 8 |
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VfR Garching | 16 | 5 | 6 | 5 | 21:20 | 1 | 21 |
| 9 |
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Wacker Burghausen | 14 | 6 | 3 | 5 | 19:18 | 1 | 21 |
| 10 |
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FC Memmingen | 15 | 5 | 5 | 5 | 23:23 | 0 | 20 |
| 11 |
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TSV Buchbach | 15 | 5 | 3 | 7 | 21:23 | -2 | 18 |
| 12 |
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Viktoria Aschaffenburg | 15 | 5 | 3 | 7 | 19:21 | -2 | 18 |
| 13 |
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SpVgg Greuther Fürth II | 15 | 5 | 1 | 9 | 21:21 | 0 | 16 |
| 14 |
|
SV Heimstetten | 15 | 4 | 3 | 8 | 21:30 | -9 | 15 |
| 15 |
|
TSV 1860 Rosenheim | 15 | 3 | 5 | 7 | 18:27 | -9 | 14 |
| 16 |
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SV Schalding-Heining | 15 | 3 | 4 | 8 | 17:27 | -10 | 13 |
| 17 |
|
FC Pipinsried | 15 | 2 | 6 | 7 | 24:32 | -8 | 12 |
| 18 |
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FC Augsburg II | 15 | 3 | 3 | 9 | 16:25 | -9 | 12 |
| Playoffs | |
| Relegation | |
| Abstieg |
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# Durch den Abstieg der Profimannschaft des FC Ingolstadt 04 in die 3. Liga wurde der FC Ingolstadt 04 II mit 0 Punkten an das Ende der Tabelle gesetzt. Die erspielten Ergebnisse behalten aber ihre Gültigkeit. Das Team lag am Ende der Saison eigentlich mit 45 Punkten auf dem neunten Tabellenplatz. |
